freesurfer跑recon-all报错

Question

在ubuntu下用freesurfer在recon-all这一步老是报错，循坏语句跑或者单独跑，都是报一样的错，如下图。

SUBJECT JKDZ001
DATE Wed Dec 18 06:30:06 PST 2024
USER yingying
HOST ubuntu
PROCESSOR x86_64
OS Linux
Linux ubuntu 5.15.0-126-generic #136~20.04.1-Ubuntu SMP Thu Nov 14 16:38:05 UTC 2024 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
7.4.1 (freesurfer-linux-ubuntu20_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460)
/home/yingying/Downloads/freesurfer/bin/recon-all
PWD /home/yingying/Documents/data/JKDZ001/mri
CMD talairach_avi --i orig_nu.mgz --xfm transforms/talairach.auto.xfm

                     recon-all.error                                                         recon-all.log
 269 tmpdir is·/tmp.mri_nu_correct.mni.7895
 270 cd /home/yingying/Documents/data/jkDze01/mri
 271 AntsN4BiasFieldcorrectionFs-t orig.mgz -0·/tmp.mri_nu_correct.mni.7895/nuo.mgz --dtype uchar
 272 AntsN4BiasFieldcorrectionFs done
 273 mri_convert ·/tmp.mri_nu_correct.mnt.7895/nuo.mgz orig_nu.mgz --like orig·mgz --conform
 274 mri_convert·/tmp.mri nu_correct.mni.7895/nuo.mgz orig_nu.mgz--like orig.mgz                                                                                             --conform
 275 reading from·/tmp.mri_nu_correct.mni.7895/nuo.mgz..
 276TR=7.88，TE=0.0，TI=0.00，flipangle=0.00
 277tras=（-1,-5.82077e-11，） 
 278j_ras=（9.31323e-10，3.72529e-09，-1）
 279kras=（-1.74623e-10，1，3.72529e-09）
 280 INFO:transform src into the like-volume: orig.mgz
 281writingtoorig_nu.mgz.·
 282
 283
 284WedDec1806:30:06PST2024
 285 mri nu correct.mni done
 286@#@FSTIME 2024:12:18:06:28:30mri_nu_correct.mniN12e95.55S0.29U95.22P99%M505112
   FR145624WC664W92I024040L.09.03.00
 287@#@FSLOADPOST2024:12:18:06:30:06mri_nu_correct.mni N120.830.310.11
 288
 289 talairach_avi --t orig_nu.mgz --xfm transforms/talairach.auto.xfm
 290
 291 talairach_avi log file is transforms/talairach_avi.log..
 292 ERROR: mpr2mni305 failed，see transforms/talairach_avi.log
 293Commandexitedwithnon-Zerostatus1
 294@#GFSTIME 2024:12:18:06:30:06talairach_aviN4e0.60S0.07U0.53P99%M83840FQR
    28236WC7W47I0163888L.830.31.11
 295@#@FSLOADPOST 2024:12:18:06:30:06talairach_avi N40.830.310.11
 296 Linux ubuntu 5.15.0-126-generic #136~20.04.1-Ubuntu SMP Thu NoV 1416:38:05UTC 2024 X86_64
    X86_64×86_64GNU/Linux
 297
 298 recon-all -S JKDZ001 exited with ERRORS at Wed Dec 18 06:30:06 PST 2024
 299
 300To       report            DrobLel

Answer 1

让【道友老李】来帮你解答，本回答参考通义千问编写，并整理提供，如果还有疑问可以点击头像关注私信或评论！

如果答案让您满意，请采纳、关注，非常感谢！

### 问题分析与解决步骤

根据你提供的错误日志，recon-all 在执行 talairach_avi 步骤时出现了错误。具体错误信息如下：

ERROR: mpr2mni305 failed, see transforms/talairach_avi.log
Command exited with non-zero status 1

这个错误通常表示在将原始图像转换为 MNI 空间时出现了问题。以下是一些可能的原因和解决步骤：

1. 检查输入数据：确保输入的 MRI 数据是正确的，并且没有损坏。
2. 检查环境变量：确保 FreeSurfer 的环境变量设置正确。
3. 查看详细日志：查看 transforms/talairach_avi.log 文件以获取更多详细的错误信息。
4. 更新 FreeSurfer：确保你使用的是最新版本的 FreeSurfer。
5. 检查依赖项：确保所有必要的依赖项都已安装。

详细步骤

1. 检查输入数据

确保你的 MRI 数据文件 orig_nu.mgz 是完整的，并且没有损坏。你可以使用 mri_info 命令来检查文件的完整性：

mri_info /home/yingying/Documents/data/JKDZ001/mri/orig_nu.mgz

2. 检查环境变量

确保 FreeSurfer 的环境变量已经正确设置。你可以在终端中运行以下命令来检查：

echo $FREESURFER_HOME
echo $SUBJECTS_DIR

如果这些变量没有正确设置，你需要在 .bashrc 或 .bash_profile 文件中添加以下内容：

export FREESURFER_HOME=/home/yingying/Downloads/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=/home/yingying/Documents/data
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

然后重新加载配置文件：

source ~/.bashrc

3. 查看详细日志

查看 transforms/talairach_avi.log 文件以获取更多详细的错误信息。这个文件通常会提供更多关于错误的具体原因。

cat /home/yingying/Documents/data/JKDZ001/mri/transforms/talairach_avi.log

4. 更新 FreeSurfer

确保你使用的是最新版本的 FreeSurfer。你可以从官方网站下载最新版本并重新安装。

cd /home/yingying/Downloads
wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/freesurfer-linux-ubuntu20_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460.tar.gz
tar -xzvf freesurfer-linux-ubuntu20_x86_64-7.4.1-20230614-7eb8460.tar.gz
export FREESURFER_HOME=/home/yingying/Downloads/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

5. 检查依赖项

确保所有必要的依赖项都已安装。你可以使用以下命令来安装 FreeSurfer 所需的依赖项：

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential g++ gfortran libglu1-mesa-dev mesa-common-dev libxmu-dev libxi-dev

示例代码

以下是一个示例脚本，展示了如何设置环境变量并运行 recon-all：

#!/bin/bash

# 设置环境变量
export FREESURFER_HOME=/home/yingying/Downloads/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=/home/yingying/Documents/data
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

# 运行 recon-all
recon-all -s JKDZ001 -all

保存上述脚本为 run_recon_all.sh，然后在终端中运行：

chmod +x run_recon_all.sh
./run_recon_all.sh

通过以上步骤，你应该能够解决 recon-all 在 talairach_avi 步骤中的错误。如果问题仍然存在，请提供 transforms/talairach_avi.log 文件的内容，以便进一步诊断。