Fortran程序运行报错

Question

现在在运行一个fortran语言写的程序包，其中文件是程序自动生成的。但是现在运行报错为

finished writing fpm; starting plots
forrtl: severe (64): input conversion error, unit 38, file /public/home/yzp/aorsa0/run/out38
Image PC Routine Line Source
xaorsa2d 0000000000835668
xaorsa2d 000000000085DE59
xaorsa2d 000000000085BAF9
xaorsa2d 000000000058C738
xaorsa2d 000000000065A37A
xaorsa2d 000000000040FDE2
libc-2.17.so 00002B0A426E8505 __libc_start_main
xaorsa2d 000000000040FCE9

===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 1 PID 136428 RUNNING AT node7
= KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)
=================================================================

Answer 1

让【道友老李】来帮你解答，本回答参考通义千问大模型编写，并整理提供，如果还有疑问可以点击头像关注私信或评论。

如果答案让您满意，请采纳、关注，非常感谢！

# 一、问题分析

（一）错误类型

从报错信息forrtl: severe (64): input conversion error, unit 38, file /public/home/yzp/aorsa0/run/out38来看，这是一个Fortran I/O操作中的严重错误。错误代码64通常表示输入转换错误，意味着在尝试读取或写入文件时，数据的格式与预期不符。

（二）可能原因

1. 文件格式问题
   • 文件out38的内容格式可能不符合程序读取该文件时所期望的格式。例如，程序可能期望一个整数但实际文件中是一个浮点数，或者数据的分隔符不正确等。
2. 文件权限问题
   • 如果程序没有对/public/home/yzp/aorsa0/run/out38文件的正确读取或写入权限，也会导致这种I/O错误。虽然从报错信息看更倾向于格式问题，但也需要检查权限。
3. 并行计算相关问题（根据后续信息推测）
   • 后续报错信息提到BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES和RANK 1 PID 136428 RUNNING AT node7 KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)。这表明在并行计算过程中，某个进程被杀死了。信号9通常是系统管理员或其他进程强制终止进程的信号，可能是由于资源限制（如内存不足、运行时间过长等），也可能是并行通信出现问题导致某些进程等待超时等。

二、解决方案

（一）检查文件内容和格式

1. 查看文件内容
   • 使用文本编辑器（如vi、vim等）打开/public/home/yzp/aorsa0/run/out38文件，检查文件中的数据是否符合程序预期的格式。例如，如果程序是按行读取整数，确保每行确实是一个有效的整数。
   • 示例：假设程序期望文件中每一行是一个以空格分隔的三个整数，而文件内容为：

     1 2 3
     4.5 6 7
     

     那么第二行的第一个数字4.5就会导致输入转换错误。

2. 检查文件生成逻辑
   • 查看生成该文件的程序部分，确保数据是以正确的格式写入文件的。例如，在Fortran中，如果使用write(*,*)语句写入数据，默认可能会有额外的空格或格式字符，要确保这些不会影响后续读取操作。如果是按照特定格式写入，如：

     open(unit = 38,file='/public/home/yzp/aorsa0/run/out38',status='unknown')
     do i = 1,n
      write(38,'(i5,f10.5,i5)') a(i),b(i),c(i)
     enddo
     close(38)
     

     那么读取时也要按照(i5,f10.5,i5)的格式进行读取，否则就会出现转换错误。

（二）检查文件权限

1. 查看文件权限
   • 在Linux系统中，可以使用ls -l /public/home/yzp/aorsa0/run/out38命令查看文件权限。确保当前运行程序的用户对该文件有读写权限。例如，输出结果为：

     -rw-r--r-- 1 user group 1234 Jan 1 12:34 out38
     

     如果程序运行用户不是user且没有对应的读写权限（如只读权限r--），则需要修改权限。可以使用chmod命令修改权限，如chmod 664 out38（使同组用户可读写，其他用户可读）或者将文件所有者改为程序运行用户。

2. 检查目录权限
   • 不仅要检查文件本身的权限，还要检查其所在目录/public/home/yzp/aorsa0/run/的权限，确保程序能够访问该目录下的文件。可以使用ls -ld /public/home/yzp/aorsa0/run/查看目录权限，必要时使用chmod修改目录权限。

（三）处理并行计算问题（如果存在）

1. 检查资源分配
   • 确保并行计算任务有足够的资源（如内存、CPU时间等）。如果是在集群上运行，查看作业调度系统的设置，例如Slurm、PBS等。对于内存限制，可以在作业提交脚本中指定更大的内存需求。例如，在Slurm中：

     #SBATCH --mem=8G
     

2. 检查并行通信代码
   • 如果程序中有MPI（Message Passing Interface）等并行通信库的调用，检查通信代码是否正确。例如，确保发送和接收缓冲区大小匹配，通信标签正确等。可以使用调试工具（如mpiP、Vampir等）来分析并行程序的通信情况。
3. 日志分析
   • 查看并行计算相关的日志文件，寻找更多关于进程被杀死的原因。例如，在集群环境中，作业调度系统可能会生成日志记录作业的运行状态，包括是否有资源超限等情况。

三、案例

（一）文件格式问题案例

1. 问题描述
   • 有一个Fortran程序用于读取包含学生成绩的文件，文件名为scores.txt。程序期望文件中每一行是一个学生的姓名（字符串，长度不超过20个字符）和成绩（整数），中间用逗号分隔。但是程序运行时报输入转换错误。
2. 解决过程
   • 检查scores.txt文件内容，发现其中有一行数据为：

     张三,90.5
     

     这里成绩是浮点数，而程序期望的是整数。修改文件内容为：

     张三,90
     

     或者修改程序读取格式为可以读取浮点数的形式，如：

     character(len=20) :: name
     real :: score
     open(unit = 10,file='scores.txt',status='old')
     do while (.true.)
      read(10,*,end = 100,err = 200) name,score
      ! 处理name和score
     enddo
     100 continue
     close(10)
     stop
     200 print*,'Error in reading file'
     

（二）并行计算问题案例

1. 问题描述
   • 一个基于MPI的Fortran程序在集群上运行时，部分进程被杀死，导致整个程序无法正常完成。
2. 解决过程
   • 检查作业调度系统（Slurm）的日志，发现是由于内存超限导致部分进程被杀死。原来程序中有一个数组分配了过多的内存，修改程序减少不必要的内存分配。同时，在作业提交脚本中增加了内存请求量：

     #SBATCH --mem=16G
     

     并重新提交作业后，程序正常运行。