orthofinder报错，同样的命令，orthofinder不能blast出结果，但手动enter却可以，是为什么？

Question

orthofinder报错，同样的命令，orthofinder不能blast出结果，但手动enter却可以，是为什么？
ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: -9

Command: diamond blastp -d /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec20/WorkingDirectory/diamondDBSpecies16 -q /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec20/WorkingDirectory/Species9.fa -o /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec20/WorkingDirectory/Blast9_16.txt --more-sensitive -p 1 --quiet  --compress 1

stdout

b''
stderr

---

b''
这样的blast比对文件为空。

但同样的命令，enter手动运行
diamond blastp -d /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec20/WorkingDirectory/diamondDBSpecies16 -q /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec20/WorkingDirectory/Species9.fa -o /gpfs/Project/Project_YKC/iwg/OrthoFinder/pep.filter/OrthoFinder/Results_Dec20/WorkingDirectory/Blast9_16.txt --more-sensitive -p 1 --quiet --compress 1
同样的命令，enter手动输入，这样却可以输出blast结果

Answer 1

以下回复参考：皆我百晓生、券券喵儿等免费微信小程序作答:

这个问题看起来比较复杂，因为它涉及到多个因素，包括环境变量、权限问题、路径问题等等。根据您提供的信息，我可以给出一些可能的解决方案和建议：

1. 环境变量和权限问题：确保在命令行和OrthoFinder中使用的环境变量相同，并且您有执行diamond blastp命令的适当权限。特别是，确认您的当前目录是否正确，以及相关的数据库文件和输入文件是否具有正确的读权限。
2. 命令行的完整性和正确性：确认您输入的命令行是否完整且正确。有时候，即使看起来相同的命令，也可能因为某些细微的差异（如空格、特殊字符等）而导致不同的结果。
3. OrthoFinder的配置问题：检查OrthoFinder的配置是否正确。有可能它在执行BLAST时的配置与您手动执行时的配置不同。检查相关的配置文件和脚本，确保它们指向正确的路径和参数。
4. 日志和错误信息：查看更详细的日志和错误信息。有时候错误信息可能隐藏在更详细的日志文件中，或者可能在执行过程中产生了一些额外的输出。这些输出可能有助于诊断问题。
5. 依赖项和工具版本：确认您使用的diamond和OrthoFinder的版本是否兼容。有时候，不同版本之间的工具可能存在差异，这可能导致某些命令在某些版本中有效而在其他版本中无效。
6. 路径问题：确认所有的文件路径是否正确。您提到了文件路径中包含/gpfs/，这可能在不同的环境中有不同的解析方式。确认路径是否真的存在，并且可以被正确的访问。

为了解决这个问题，您可以尝试以下步骤：

• 检查环境变量和权限设置。
• 重新检查命令行和OrthoFinder的配置。
• 查看更详细的日志和错误信息。
• 确认所有依赖项和工具的版本兼容性。
• 确保所有文件路径的正确性。

如果以上步骤仍然无法解决问题，建议您联系OrthoFinder的开发者或社区支持，以获取更专业的帮助。