试了半个月了想在python3.8上安装FlowSig这个包，但是一直有版本冲突

Question

求求各位大佬帮帮小弟，想做一个生信方面的研究，想安装FlowSig这个包，

从github上读了作者的指导，
作者说最好是运行在python3.8上，
（To generate a virtual environment, run the command. N.B. make sure you're using Python 3.8, for some reason pyliger does not like Python 3.9. ）
好！我安装了3.8。

然后就是按照作者的指导，创建了虚拟环境，激活了虚拟环境，运行了下边三行代码：

①git clone https://github.com/axelalmet/flowsig.git
②cd ./flowsig/
③pip3 install .
然后按照作者的要求（依赖包他都标注了具体要求的版本），安装其他依赖包。但是在安装某些依赖包的过程中，有3个包不能在python3.8中安装作者要求的版本，出现了报错如下：
①scipy==1.11.1
ERROR: Ignored the following versions that require a different python version: 1.11.0 Requires-Python <3.13,>=3.9; 1.11.0rc1 Requires-Python <3.13,>=3.9; 1.11.0r
c2 Requires-Python <3.13,>=3.9; 1.11.1 Requires-Python <3.13,>=3.9; 1.11.2 Requires-Python <3.13,>=3.9; 1.11.3 Requires-Python <3.13,>=3.9; 1.11.4 Requires-Pytho
n >=3.9; 1.12.0 Requires-Python >=3.9; 1.12.0rc1 Requires-Python >=3.9; 1.12.0rc2 Requires-Python >=3.9; 1.13.0 Requires-Python >=3.9; 1.13.0rc1 Requires-Python >=3.9; 1.13.1 Requires-Python >=3.9; 1.14.0 Requires-Python >=3.10; 1.14.0rc1 Requires-Python >=3.10; 1.14.0rc2 Requires-Python >=3.10; 1.14.1 Requires-Python >=3.10; 1.15.0 Requires-Python >=3.10; 1.15.0rc1 Requires-Python >=3.10; 1.15.0rc2 Requires-Python >=3.10; 1.15.1 Requires-Python >=3.10
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement scipy==1.11.1 (from versions: 0.8.0, 0.9.0, 0.10.0, 0.10.1, 0.11.0, 0.12.0, 0.12.1, 0.13.0, 0.13.1
, 0.13.2, 0.13.3, 0.14.0, 0.14.1, 0.15.0, 0.15.1, 0.16.0, 0.16.1, 0.17.0, 0.17.1, 0.18.0, 0.18.1, 0.19.0, 0.19.1, 1.0.0, 1.0.1, 1.1.0, 1.2.0, 1.2.1, 1.2.2, 1.2.3
, 1.3.0, 1.3.1, 1.3.2, 1.3.3, 1.4.0, 1.4.1, 1.5.0, 1.5.1, 1.5.2, 1.5.3, 1.5.4, 1.6.0, 1.6.1, 1.6.2, 1.6.3, 1.7.0, 1.7.1, 1.7.2, 1.7.3, 1.8.0rc1, 1.8.0rc2, 1.8.0rc3, 1.8.0rc4, 1.8.0, 1.8.1, 1.9.0rc1, 1.9.0rc2, 1.9.0rc3, 1.9.0, 1.9.1, 1.9.2, 1.9.3, 1.10.0rc1, 1.10.0rc2, 1.10.0, 1.10.1)
ERROR: No matching distribution found for scipy==1.11.1
②squidpy==1.3.0
ERROR: Ignored the following versions that require a different python version: 1.3.0 Requires-Python >=3.9; 1.3.1 Requires-Python >=3.9; 1.4.0 Requires-Python >=3.9; 1.4.1 Requires-Python >=3.9; 1.5.0 Requires-Python >=3.9; 1.6.0 Requires-Python >=3.9; 1.6.1 Requires-Python >=3.9; 1.6.2 Requires-Python >=3.10
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement squidpy==1.3.0 (from versions: 1.0.0, 1.0.1, 1.1.0, 1.1.1, 1.1.2, 1.2.0, 1.2.1, 1.2.2, 1.2.3)
ERROR: No matching distribution found for squidpy==1.3.0
③tensorflow==2.12.0
pygam 0.9.1 requires numpy<1.25,>=1.24.2; python_version >= "3.8" and python_version < "3.9", but you have numpy 1.23.5 which is incompatible.
所以说整个包的安装就卡在了这里，根本无法进行下去，我不知道是应该把python3.8升到更高版本，还是说通过什么方法能安装上这几个依赖包。
我为了能运行这行程序：import flowsig as fs，已经试了半个月了。还是没办法。
谢谢各位了，谢谢，谢谢😭

Answer 1

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根据你提供的信息，你遇到的问题主要是某些依赖包在Python 3.8版本下无法安装作者所要求的版本，导致整个FlowSig包无法成功安装。以下是针对你遇到的三个错误的解决方案：

1. 关于Scipy版本问题：

   • Scipy 1.11.1要求Python版本大于等于3.9，而你使用的是Python 3.8，无法满足Scipy的要求。解决方法可以是手动安装较低版本的Scipy，可以尝试安装1.11.0版本或更低版本：

     pip3 install scipy==1.11.0
     

2. 关于Squidpy版本问题：

   • 同样，Squidpy 1.3.0要求Python版本大于等于3.9，同样无法在Python 3.8下安装。解决方法同样是安装低版本的Squidpy，可以尝试安装1.2.3版本：

     pip3 install squidpy==1.2.3
     

3. 关于Tensorflow和Numpy版本问题：
   • 在安装Tensorflow 2.12.0时遇到了Numpy版本不匹配的问题。可以尝试安装符合要求的Numpy版本：

     pip3 install numpy==1.24.2
     

   然后再安装Tensorflow：

   pip3 install tensorflow==2.12.0
   

安装完上述各个依赖包后，再尝试安装FlowSig包，希望这个问题可以得到解决。如果还有其他问题，请随时问我，我会尽力帮助解决。祝你顺利完成生信研究！如果还有其他问题，请随时问我，我会尽力帮助解决。祝你顺利完成生信研究！