alphafold的conda部署

Question

作者我还遇到一个问题就是提示module 'jax' has no attribute 'tree'，但是我的cuda，cudnn，jax都是和你保持一致的，请问你有这个问题吗?请问这个该怎么解决呢？如果把python改为3.10重新配，其他的包又不兼容了

Answer 1

以下回复引自免费微信小程序：皆我百晓生。 如问题解决，还请采纳。如仍有疑问，请回复留言或私信博主，以便获得更精准的帮助。

在ALPHAFOLD的CONDA环境中部署时，如果出现MODULENOTFOUNDERROR: NO MODULE NAMED 'JAX'错误，这通常是因为你需要安装JAX库来使用ALPHAFOLD中的各种功能。以下是如何解决这个问题的一般步骤：

1. 安装JAX：首先确保你的环境中有JAX库。你可以通过运行以下命令来安装它：

   PIP INSTALL JAX
   

2. 配置JAX：在ALPHAFOLD的PYTHON脚本中添加JAX模块，例如，在MAIN.PY文件中添加以下代码（请注意替换为实际的路径）：

   IMPORT JAX
   IMPORT JAX.NUMPY AS JNP
   

3. 设置JAX上下文：在MAIN.PY文件的IF __NAME__ == '__MAIN__':部分，添加以下代码以设置JAX上下文：

   FROM JAX IMPORT NUMPY AS JNP
   
   # 重置默认的JAX上下文
   JAX.CONFIG.UPDATE('JAX_PLATFORM_NAME', 'CPU')
   

4. 构建模型：在MAIN.PY文件中，创建一个简单的模型，并使用JAX进行训练。

   @JIT
   DEF MODEL(X):
       RETURN JNP.TANH(JNP.EXP(-X) + 0.1)
   
   X = JNP.ARRAY([0., 0., 0., 0.])
   Y = MODEL(X)
   

5. 运行模型：在终端或IDE中运行上述代码片段。

   PYTHON MAIN.PY
   

   如果没有错误消息，JAX将初始化并开始运行模型。

6. 检查JAX状态：在终端或IDE中查看JAX的状态，看看是否成功启动了。

   JAX.CONFIG.MODE
   

7. 清理JAX：如果你需要永久性地清除JAX环境，可以删除JAX包的文件夹：

   RM -R /PATH/TO/JAX/
   

8. 确认JAX：最后，确认JAX是否已正确加载。如果发现异常或警告信息，可能意味着JAX尚未完全安装或配置完成。

   JAX
   

9. 测试JAX：在终端或IDE中运行以下代码，以验证JAX的功能：

   JAX
   

现在你应该已经解决了MODULENOTFOUNDERROR: NO MODULE NAMED 'JAX'的问题，ALPHAFOLD的JAX模块已经正确配置并在你的环境中运行。