gromacs报错求解

Question

我在做利用NaCl中和系统时“gmx grompp -f em.mdp -c 1AUS_box.gro -p 1topol.top -o em.tpr”

遇到了基本类似的ERROR54个分别在chain_S、chain_U、chain_T等多个文件均包含，大致均为“
#ERROR 1 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 2182]:No default Bond types
#ERROR 2 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 9584]:No default U-B types
#ERROR 3 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 9586]: No default U-B types
#ERROR 4 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 9587]:No default U-B types
#ERROR 5 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 9600]:No default U-B types
#ERROR 6 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 13296]:No default Proper Dih. types
#ERROR 7 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 13297]:No default Proper Dih. types
#ERROR 8 [file topol_Protein_chain_S.itp, line 13298]:No default Proper Dih. types”
#GROMACS的版本是2023.3-Ubuntu_2023.3_1ubuntu3

Answer 1

阿里嘎多学长整理AIGC生成，因移动端显示问题导致当前答案未能完全显示，请使用PC端查看更加详细的解答过程

Gromacs 报错求解

你遇到的错误是 ERROR54，通常是由于 Gromacs 在读取输入文件时遇到了问题。下面是一些可能的解决方案：

1. 检查输入文件：确保输入文件（em.mdp、1AUS_box.gro、1topol.top）正确无误，检查文件是否损坏或缺失。
2. 检查文件路径：确保输入文件的路径正确，Gromacs 可能会报错如果文件路径不正确。
3. 检查 Gromacs 版本：确保你使用的 Gromacs 版本正确，可能某些版本的 Gromacs 会报错。
4. 检查 chai 文件：如果 chai 文件存在错误，可能会导致 Gromacs 报错，检查 chai 文件是否正确。

如果以上解决方案不行，可以提供更多的错误信息和输入文件内容，以便更好地帮助你解决问题。

核心代码：

gmx grompp -f em.mdp -c 1AUS_box.gro -p 1topol.top -o em.tpr

请注意，这只是一个基本的解决方案，如果你需要更多帮助，请提供更多的错误信息和输入文件内容。