Gromacs 构建模拟盒子时报错，如何解决？

Question

使用gmx_mpi genconf -f DMSO.gro -o DMSO_box.gro -nbox 8 8 8 -dist 0.5 -rot命令生成盒子，出现报错说MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI process.

Answer 1

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根据报错信息显示是MPI_ABORT导致Open MPI终止所有MPI进程。这可能是由于MPI进程之间通信问题或者集群配置问题引起的。 为了解决这个问题，可以尝试以下步骤：

1. 检查集群配置是否正确，确保节点之间的通信正常。
2. 尝试使用不同的MPI启动程序，例如mpich或者intel mpi，看是否可以避免这个问题。
3. 更新Open MPI版本到最新版，可能已经修复了这个问题。
4. 检查genconf命令的参数设置是否正确，可能是参数设置导致MPI进程崩溃。 如果以上步骤无法解决问题，可以尝试手动编写一个脚本来生成盒子。以下是一个简单的Python脚本示例：

import numpy as np
# 读入原始坐标文件
with open('DMSO.gro', 'r') as f:
    lines = f.readlines()
# 获取原子个数
n_atoms = int(lines[1])
# 获取坐标信息
coordinates = []
for line in lines[2:2+n_atoms]:
    parts = line.split()
    coordinates.append([float(p) for p in parts[3:6]])
# 定义盒子大小和间距
box_size = 8
spacing = 0.5
# 生成盒子内所有原子坐标
new_coordinates = []
for z in np.arange(0, box_size, spacing):
    for y in np.arange(0, box_size, spacing):
        for x in np.arange(0, box_size, spacing):
            for coord in coordinates:
                new_coord = [coord[0]+x, coord[1]+y, coord[2]+z]
                new_coordinates.append(new_coord)
# 写入新的坐标文件
with open('DMSO_box.gro', 'w') as f:
    f.write(lines[0])
    f.write(str(len(new_coordinates)) + '\n')
    i = 0
    for new_coord in new_coordinates:
        f.write(f'{i+1:>5}{f"ATOM{i+1}":<5}{f"RES{i+1}":>5}{i+1:>5}{new_coord[0]:8.3f}{new_coord[1]:8.3f}{new_coord[2]:8.3f}\n')
        i += 1
    f.write(lines[-1])

请替换脚本中的DMSO.gro为你的原始坐标文件名，并运行该脚本来生成新的坐标文件。希望能帮到你解决问题。