已知皮层体素的值和坐标，怎么生成nii文件

Question

已知皮层体素的值和坐标，怎么生成nii文件

我用freesurfer跑出来了大脑皮层顶点的坐标和值，顶点都位于体素中心，我又所有顶点的坐标和值，怎么把这个转换成nii文件呢，感谢各位

Answer 1

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解答

生成 NIfTI 文件（.nii）需要将皮层体素的值和坐标转换为 NIfTI 文件的格式。下面是一个使用 MATLAB 实现的解决方案：

1. 首先，创建一个 MATLAB 数组，用于存储皮层体素的值和坐标。假设你已经有了一个名为 vertices 的结构体，其中包含了每个顶点的坐标和值。

vertices = struct('x', [], 'y', [], 'z', [], 'value', []);

1. 将 vertices 结构体中的数据转换为一个 3D 数组，用于存储皮层体素的值。假设你想要生成一个 256x256x256 的 NIfTI 文件。

values = zeros(256, 256, 256);
for i = 1:length(vertices)
    x = vertices(i).x;
    y = vertices(i).y;
    z = vertices(i).z;
    values(round(x)+1, round(y)+1, round(z)+1) = vertices(i).value;
end

1. 使用 nifti Toolbox（可以在 MATLAB 文件 exchange 中下载）将 3D 数组转换为 NIfTI 文件。

nifti = nifti_create(values, 'PixelSize', [1 1 1], 'VoxelUnits', 'mm', 'Header', 'my_header');
nifti = nifti_write(nifti, 'my_nii_file.nii');

1. 最后，你可以使用 MRIView 或其他 NIfTI 文件查看工具来查看生成的 NIfTI 文件。

注意：在上面的代码中，我们假设了每个顶点的坐标和值都位于体素中心。如果你的坐标和值不在体素中心，你需要对坐标和值进行相应的转换。

希望这个解决方案能够帮助你生成 NIfTI 文件！