GraphPad Prism做箱式图时如何正确设置数据格式？

Question

在使用 GraphPad Prism 绘制箱式图（Box Plot）时，常见的一个技术问题是：**如何正确设置数据格式以确保图形准确反映数据分布？** 用户常混淆“列数据”（Column data）与“分组数据”（Grouped data）格式的使用场景，导致无法正确生成箱式图。实际上，绘制箱式图应使用“Column data”格式，每一列代表一个独立的数据组，数据以纵向排列，缺失值需留空或用NaN表示。若误用“Grouped”格式或多变量格式，Prism 将无法识别数据结构，从而导致绘图失败或统计计算错误。 正确设置数据格式是确保箱式图准确展示中位数、四分位数及异常值的前提。

Answer 1

一、问题背景：为何数据格式对绘制箱式图至关重要？

在使用 GraphPad Prism 绘制箱式图（Box Plot）时，一个常见的技术问题是用户未能正确设置输入数据的格式。这直接导致图表无法准确反映数据的真实分布情况，包括中位数、四分位数以及异常值。

GraphPad Prism 提供了多种数据组织方式，如“列数据”（Column data）和“分组数据”（Grouped data），但并非所有格式都适用于箱式图的绘制。理解这些格式之间的区别及其适用场景是解决问题的第一步。

二、常见误区：Column Data 与 Grouped Data 的混淆

• Column Data： 每一列代表一个独立的数据组，适合用于单变量分析，如箱式图、柱状图等。
• Grouped Data ： 用于双因子或多因子实验设计，通常包含行标题和列标题，适合比较多个条件下的多组数据。

误用“Grouped”格式会导致Prism无法识别每一组数据的边界，从而无法正确计算统计量，最终生成错误的图形或根本无法绘图。

三、正确操作指南：如何准备 Column Data 格式的数据？

1. 将每个数据组放在单独的一列中。
2. 每列中的数据按纵向排列，即样本值依次向下填写。
3. 缺失值应留空单元格或标记为 NaN，避免影响统计计算。
4. 确保没有多余的文本标签或非数值内容插入到数据列中。

以下是一个符合 Column Data 格式的示例表格：

Group A	Group B	Group C
23	45	67
25	48	69
22	NaN	70
24	50	71

四、进阶技巧：验证数据格式是否正确的方法

为了确认你的数据格式是否适合绘制箱式图，可以在Prism中执行以下步骤：

• 点击菜单栏中的“Analyze”，选择“Column statistics”。
• 如果系统能够成功计算出中位数、Q1、Q3等指标，则说明数据格式正确。
• 若提示错误或无法完成分析，则应回查数据结构是否为标准的Column Data格式。

此外，也可以通过如下伪代码逻辑来判断数据是否符合要求：

if column_has_only_numbers_or_nan(data):
    proceed_to_boxplot()
else:
    raise ValueError("Invalid data format for Box Plot")
  

五、流程图示意：从数据准备到绘图的完整流程

graph TD
    A[开始] --> B[确定绘图类型为箱式图]
    B --> C{是否使用Column Data格式?}
    C -- 是 --> D[输入数据，每列一组]
    C -- 否 --> E[转换为Column Data格式]
    D --> F[检查缺失值是否标记为NaN]
    F --> G[使用Prism绘制箱式图]
    G --> H[输出结果]