BD Rhapsody上游分析运行老是出错怎么解决

Question

根据BD Rhapsody的官方手册，在实验室服务器本地配置pipeline，因为服务器网络问题所以没有用docker拉取image，用了docker-free的办法，cwl-runner和cwl文件还有参考基因组都是用的最新版本的，但是运行会报错说版本不匹配

后面我在本地终端用docker重新pull了2.3版本的image，打算用2.3的cwl文件用cwl-runner重新跑一遍，看还会不会报错，但是之前浅浅试过，用的最新版本的，还是报错了，这次的还没跑出来，不知道

二编：答案里面说的方法我都试过了，版本都改成匹配的还是报错说版本不兼容，后面用了pipeline2.3版本跑也还是报错，我真不中了

Answer 1

上午好☀️☀️☀️️
本答案参考通义千问

你提到的问题是关于 BD Rhapsody 上游分析运行时出现的版本不匹配错误。这个问题可能由多个因素引起，包括 CWL 文件版本与容器镜像版本不一致、依赖库版本不兼容、环境配置问题等。

以下是详细的解决方案和排查步骤：

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一、确认版本一致性

1. 检查 BD Rhapsody 官方文档

• **确保你使用的 CWL 文件和 Docker 镜像版本是官方推荐的配对版本。
  比如：某些版本的 CWL 只能与特定版本的镜像一起使用。

2. 查看镜像标签

• 如果你手动拉取了某个版本（如 2.3），请确认该镜像是否真的支持你使用的 CWL 文件。
• 使用命令查看镜像信息：

  docker inspect bd_rhapsody_image:2.3
  

3. 检查 CWL 文件中的版本声明

• 打开你的 CWL 文件，查看是否有类似以下内容：

  cwlVersion: v1.0
  class: CommandLineTool
  version: "2.3"
  

  • 如果这个版本与你实际运行的镜像版本不一致，就会报错。

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二、使用正确的 Docker 镜像

1. 确保镜像版本正确

• 如果你之前使用的是 docker-free 的方式（即没有通过 Docker 拉取镜像，而是直接在本地执行），那么需要确保镜像路径和版本与 CWL 文件中定义的一致。
• 建议重新拉取镜像并验证其版本：

  docker pull bd_rhapsody_image:2.3
  docker images | grep bd_rhapsody
  

2. 修改 CWL 文件中的镜像引用

• 如果你使用的是自定义的镜像路径或未指定版本，可以尝试在 CWL 中显式指定镜像版本：

  requirements:
    DockerRequirement:
      dockerImage: bd_rhapsody_image:2.3
  

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三、使用 Docker 运行 CWL 文件

1. 使用 cwltool 和 Docker 模式运行

• 确保你使用的是 cwltool 而不是 cwl-runner（因为 cwl-runner 在某些版本中可能不支持 Docker）。
• 示例命令：

  cwltool --preserve-entire-environment --tmpdir-prefix /path/to/tmpdir \
          --default-container bd_rhapsody_image:2.3 \
          your_pipeline.cwl input.json
  

2. 设置环境变量（可选）

• 如果服务器网络限制导致无法拉取镜像，你可以将镜像打包为 .tar 并导入本地：

  docker save bd_rhapsody_image:2.3 > bd_rhapsody_image.tar
  docker load < bd_rhapsody_image.tar
  

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四、检查依赖库和系统环境

1. 确认 Python 和 CWL 工具版本

• 确保你使用的 cwltool 版本与 CWL 文件兼容：

  pip show cwltool
  

• 推荐使用最新稳定版（如 v3.0.20240517 或更高）。

2. 安装依赖项

• 如果 CWL 文件依赖某些工具（如 samtools, bwa, picard），请确保这些工具已安装并在 PATH 中可用。

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五、常见错误及解决方法

| 错误提示 | 解决方案 | |----------|----------| | Version mismatch | 确认 CWL 和镜像版本一致 | | No such image | 确保镜像已正确拉取或加载 | | Command not found | 检查依赖工具是否安装 | | Permission denied | 检查文件权限和临时目录路径 |

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六、示例 CWL 文件片段（修正后）

cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: ["your_command"]
inputs:
  input_file:
    type: File
    description: Input file to process
outputs:
  output_file:
    type: File
    description: Processed output

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerImage: bd_rhapsody_image:2.3

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七、总结

1. 确保 CWL 文件和 Docker 镜像版本一致。
2. 使用 cwltool 而不是 cwl-runner。
3. 正确配置 Docker 镜像路径和版本。
4. 检查依赖工具是否安装且可用。
5. 必要时打包镜像并导入本地运行。

如果你愿意提供具体的错误日志，我可以进一步帮你定位问题。