使用dRep时报错ERROR DOUBLE CRITICAL ERROR AGAIN WITH PRIMARY CLUSTER

Question

我在使用dRep的时候出现了一些错误。
我使用的dRep的版本是：v3.4.5

在使用依赖项检测时的输出：只有centrifuge是error，别的都是all good

我原本要对38530个病毒基因组进行去冗余操作，但是在输出的文件夹dereplicated_genomes中发现存在35259个病毒基因组。以下是我的运行代码：
time dRep dereplicate drep/ -g /data/ldd/data_for_processing/fna_list.txt -p 128 -l 2000 --S_algorithm fastANI --ignoreGenomeQuality -pa 0.8 -sa 0.97 -nc 0.85 -comW 0 -conW 0 -strW 0 -N50W 0 -sizeW 1 -centW 0 --skip_plots
我检查了logger.log文件，我猜测问题可能出现在第二步。dRep dereplicate Step 2. Cluster
以下内容截取自logger.log
09-09 16:09 DEBUG running cluster 221
09-09 16:09 DEBUG /home/user/miniconda3/envs/checkm1/bin/fastANI --ql /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList --rl /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList -o /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/fastANI_out_xoimckskpn --matrix -t 128 --minFraction 0 xoimckskpn
09-09 16:09 DEBUG running cluster 5566
09-09 16:09 DEBUG /home/user/miniconda3/envs/checkm1/bin/fastANI --ql /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList --rl /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList -o /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/fastANI_out_imxwmalabg --matrix -t 128 --minFraction 0 imxwmalabg
09-09 16:09 ERROR CRITICAL ERROR WITH SECONDARY CLUSTERING CODE imxwmalabg; SKIPPING
09-09 16:09 ERROR CRITICAL ERROR WITH PRIMARY CLUSTER 5566; TRYING AGAIN
09-09 16:09 DEBUG /home/user/miniconda3/envs/checkm1/bin/fastANI --ql /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList --rl /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList -o /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/fastANI_out_mhnylcorro --matrix -t 128 --minFraction 0 mhnylcorro
09-09 16:09 ERROR CRITICAL ERROR WITH SECONDARY CLUSTERING CODE mhnylcorro; SKIPPING
09-09 16:09 ERROR DOUBLE CRITICAL ERROR AGAIN WITH PRIMARY CLUSTER 5566; SKIPPING
09-09 16:09 DEBUG running cluster 11328
09-09 16:09 DEBUG /home/user/miniconda3/envs/checkm1/bin/fastANI --ql /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList --rl /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/tmp/genomeList -o /data/ldd/data_for_processing/drep/data/fastANI_files/fastANI_out_fnuwccsket --matrix -t 128 --minFraction 0 fnuwccsket

因为不知道应该加什么标签，所以把Python、java和c++都加上去了

Answer 1

阿里嘎多学长整理AIGC生成，因移动端显示问题导致当前答案未能完全显示，请使用PC端查看更加详细的解答过程

根据你的问题，我分析如下：

你正在使用dRep这个软件，对38530个病毒基因组进行分析，但是出现了ERROR DOUBLE CRITICAL ERROR AGAIN WITH PRIMARY CLUSTER错误。这是一个很严重的错误，可能会影响整个分析过程。

由于你只提到了centrifuge这个依赖项报错，其他依赖项都是正常的。因此，你可以尝试以下几步来解决这个问题：

1. 检查centrifuge的安装和配置：确保centrifuge已经正确安装并配置了。
2. 查看centrifuge的日志：可能有更多信息可以帮助你解决这个问题。
3. 尝试重新安装centrifuge：如果上述步骤无效，可以尝试重新安装centrifuge。
4. 检查dRep的配置文件：可能某些配置文件存在问题，导致这个错误。

具体的解决方案取决于dRep和centrifuge的具体实现和配置。如果你需要更多的帮助，请提供更多详细的信息或日志。