metaspades组装宏基因组样本出错

Question

== Error == system call for: "['/home/anaconda3/envs/metagenome/bin/spades-core', '/home/xianzhang/ZX/Bioinformatics/Data/Qingyunming/AM-metagenome/Winter/2_cleandata/assembly/metaspades_MIA/K55/configs/config.info', '/home/xianzhang/ZX/Bioinformatics/Data/Qingyunming/AM-metagenome/Winter/2_cleandata/assembly/metaspades_MIA/K55/configs/mda_mode.info', '/home/xianzhang/ZX/Bioinformatics/Data/Qingyunming/AM-metagenome/Winter/2_cleandata/assembly/metaspades_MIA/K55/configs/meta_mode.info']" finished abnormally, OS return value: -9
有朋友做过metaspades的宏基因组组装吗，我7个样本只剩这个样本总是跑不出来，比这个样本数据大一倍的样本都跑出来了，这个样本同样的参数或者改了参数都跑不出来，要么是== Error == system call for:“...“finished abnormally, OS return value: -9要么是finished abnormally, OS return value: -11或者-6

Answer 1

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问题分析

您使用 Metaspades 组装宏基因组样本时遇到了错误。错误信息中提到了系统调用，提示可能与环境变量或命令路径相关的问题。

解决方案

1. 检查环境变量 确保 PATH 环境变量中包含了 Anaconda 的 bin 目录，例如 /home/anaconda3/envs/metagenome/bin。
2. 检查命令路径 确认 Metaspades 的核心文件 spades-core 是否存在于指定的路径下，例如 /home/anaconda3/envs/metagenome/bin/spades-core。
3. 尝试重新设置 Anaconda 环境 重启 Anaconda 环境或重新设置环境变量。

核心代码 如果您需要在 Linux 中检查环境变量，例如：

echo $PATH

如果需要在 Bash 中设置环境变量，例如：

export PATH=$PATH:/home/anaconda3/envs/metagenome/bin

请注意：此代码片段仅供参考，具体操作需根据您的 Linux 版本和安装环境进行调整。