windows虚拟ubantu22.04.5单细胞上游分析STARsolo出现奇怪bug

Question

在windows虚拟的ubantu系统中安装生信比对STAR软件，运行过程中出现奇怪BUG

如图片所示，在定义变量时我误加入了一个大写R字母，脚本运行正常，只是结果文件存储位置并非预期的位置（F盘）结果保存文件位置如下图：

而当我将这个BUG修复时，运行脚本会出现以下报错

百思不得其解……

Answer 1

让【宝码香车】来帮您解答，本回答参考DeepSeek编写，并整理提供。

如果答案能帮助您，请采纳，非常感谢！
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每日一句正能量，让它带给您好心情：即使走得很慢，只要不后退，就是在前进。
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根据您提供的信息，这是一个典型的文件系统兼容性问题。让我为您详细分析问题和提供解决方案。

问题分析

从图片3的报错信息可以看出核心问题：

FATAL ERROR: could not create FIFO file /mnt/f/scRNA_results/star_alignments/L_MASH_GEX_1__STARtmp/tmp.fifo.read1
SOLUTION: check if run directory supports FIFO files.

根本原因：STAR软件在运行过程中需要创建FIFO（命名管道）文件，但Windows的NTFS/FAT文件系统不支持FIFO文件。

为什么错误变量时能运行？

当您使用错误的变量定义时：

output_prefix=" R/star_alignments/${sample id} "

STAR实际上将结果输出到了Ubuntu系统根目录下的R/文件夹，而不是Windows共享的/mnt/f/目录。Linux原生文件系统（如ext4）支持FIFO，所以能够正常运行。

解决方案

方案1：使用--outTmpDir参数（推荐）

将临时目录指向Linux原生分区：

# 在home目录或其他Linux分区创建临时目录
mkdir -p ~/star_tmp


# 修改STAR命令，添加outTmpDir参数
$STAR_PATH --genomeDir "$STAR_INDEX_DIR" \
--readFilesIn "$r1" "$r2" \
--readFilesCommand zcat \
--outFileNamePrefix "$output_prefix" \
--runThreadN $THREADS \
--outSAMtype BAM Unsorted \
--outSAMunmapped Within \
--outSAMattributes Standard \
--quantMode GeneCounts \
--genomeLoad "$STAR_GENOME_LOAD" \
--limitBAMsortRAM 53687691260 \
--alignIntronMax 500000 \
--alignMatesGapMax 1060000 \
--soloType CB_UMI_Simple \
--soloCBwhitelist "$BARCODE_WHITELIST" \
--soloBarcodeReadLength 8 \
--outTmpDir ~/star_tmp/${sample_id}

方案2：完全在Linux分区工作

将数据复制到Ubuntu的家目录中处理：

# 将数据从/mnt/f/复制到home目录
cp -r /mnt/f/scRNA_results ~/scRNA_results


# 修改脚本中的路径指向home目录
output_prefix="$HOME/scRNA_results/star_alignments/${sample_id}"

方案3：使用虚拟机共享文件夹的正确挂载方式

如果使用VirtualBox/VMware，确保共享文件夹以支持Linux特性的方式挂载。

修正后的完整脚本示例

#!/bin/bash


# 定义变量（修正版本）
sample_id="L_MASH_GEX_1"
output_prefix="/mnt/f/scRNA_results/star_alignments/${sample_id}"
bam_file="/mnt/f/scRNA_results/star_alignments/${sample_id}.bam"
sj_tab_file="/mnt/f/scRNA_results/star_alignments/sj_tabs/${sample_id}_SJ.out.tab"
chimeric_junction_file="/mnt/f/scRNA_results/star_alignments/sj_tabs/${sample_id}_Chimeric.out.junction"


# 创建必要的目录
mkdir -p /mnt/f/scRNA_results/star_alignments/sj_tabs
mkdir -p ~/star_tmp/${sample_id}


echo "开始比对样本 $sample_id"


$STAR_PATH --genomeDir "$STAR_INDEX_DIR" \
--readFilesIn "$r1" "$r2" \
--readFilesCommand zcat \
--outFileNamePrefix "$output_prefix" \
--runThreadN $THREADS \
--outSAMtype BAM Unsorted \
--outSAMunmapped Within \
--outSAMattributes Standard \
--quantMode GeneCounts \
--genomeLoad "$STAR_GENOME_LOAD" \
--limitBAMsortRAM 53687691260 \
--alignIntronMax 500000 \
--alignMatesGapMax 1060000 \
--soloType CB_UMI_Simple \
--soloCBwhitelist "$BARCODE_WHITELIST" \
--soloBarcodeReadLength 8 \
--outTmpDir ~/star_tmp/${sample_id}

额外建议

1. 变量命名规范：使用小写字母和下划线，避免空格
2. 路径检查：在脚本开头添加路径存在性检查
3. 临时文件清理：处理完成后清理临时文件

# 处理完成后清理临时目录
rm -rf ~/star_tmp/${sample_id}

使用方案1应该能解决您的问题。如果仍有问题，请考虑将整个工作流程迁移到Linux原生分区。