getorganelle 真菌线粒体组装 error

Question

2025-12-23 10:58:17,093 - ERROR:
Traceback (most recent call last):
File ".../get_organelle_from_reads.py", line 3882, in main
all_read_nums = estimate_maximum_n_reads_using_mapping(
File ".../pipe_control_func.py", line 1111, in estimate_maximum_n_reads_using_mapping
map_with_bowtie2(
File ".../pipe_control_func.py", line 414, in map_with_bowtie2
raise Exception("")
Exception
呜这是发生了什么呀 我用的是ont数据 真要晕倒了 有谁能帮助我吗

Answer 1

别慌！GetOrganelle跑ONT真菌线粒体组装报这个错，核心是Bowtie2比对环节出问题（ONT长读长数据和Bowtie2适配性差），按这几步快速解决：

第一步：先定位核心问题

报错卡在map_with_bowtie2，因为Bowtie2本来是为短读长（Illumina）设计的，直接跑ONT长序列会比对失败，触发空异常。

第二步：极简解决办法（针对ONT数据）

1. 换比对工具，绕开Bowtie2
   运行GetOrganelle时加参数--bowtie2-build-args "--large-index" --mapping-tool minimap2，用minimap2（适配长读长）替代Bowtie2：

   get_organelle_from_reads.py -1 你的ONT数据.fq -o 输出目录 -R 50 -k 21,45,65,85,105 -F mt_genome --bowtie2-build-args "--large-index" --mapping-tool minimap2
   

2. 检查数据格式
   ONT数据要是fast5格式先转成fastq（用guppy），确保无乱码、无换行错误；
3. 调低内存/线程
   服务器内存不够也会触发这个错，加--threads 8（别超服务器核数）、--mem 20G限制内存。

关键提醒

GetOrganelle默认用Bowtie2，ONT长读长必须强制换minimap2，这是最常见的坑！