运行maker时报错

Question

请问在跑maker时候遇到这样的问题：/data2/lll/software/braker/Augustus/bin/augustus: ERROR
Invalid nucleotide '' encountered.
各种检查了fasta文件后也没发现有空字符或是各种不合格的核苷酸字符

Answer 1

上午好☀️☀️☀️️
本答案参考通义千问

在使用 maker 时遇到以下错误：

/data2/lll/software/braker/Augustus/bin/augustus: ERROR Invalid nucleotide '' encountered.

这个错误通常表示 在输入的 FASTA 文件中存在无效或空的核苷酸字符（例如空字符串 '' 或者非 A/T/C/G 的字符），即使你已经检查过文件，但可能仍然存在一些未被注意到的问题。

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一、问题分析

• Augustus 是 maker 使用的一个基因预测工具，它对输入的 DNA 序列有严格要求。
• 即使你认为你的 FASTA 文件是正确的，也可能存在以下情况：
  • 序列中包含空字符 ''
  • 某些行被截断，导致序列不完整
  • FASTA 格式错误（如没有正确以 > 开头的标题行）
  • 含有特殊字符（如 N 以外的未知碱基）

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二、解决方案

1. 检查 FASTA 文件格式是否正确

确保每条序列都符合标准 FASTA 格式：

>chr1
ATGCGTACGT...
>chr2
ATGCGTACGT...

• 每个序列必须以 > 开头。
• 不要有多余的空行或空白字符。

2. 查找并删除空字符 ''

可以使用以下命令检查并删除空字符：

# 查看是否有空字符
grep -n '^[[:space:]]*$' your_fasta.fasta

# 删除空行（包括只含空格的行）
sed '/^$/d' your_fasta.fasta > cleaned.fasta

3. 检查序列中是否包含非法字符

你可以用以下命令检查是否存在非 A/T/C/G/N 的字符：

# 找出所有非 A/T/C/G/N 的字符
grep -vE '^[>]*[ATCGN]+$' your_fasta.fasta

如果输出中有内容，说明存在非法字符。

4. 使用 seqkit 工具清洗 FASTA 文件

推荐使用 seqkit 来清理 FASTA 文件：

# 安装 seqkit（如果尚未安装）
# 可以通过 conda 或源码安装

# 清洗 FASTA 文件，移除非法字符和空行
seqkit clean -i your_fasta.fasta -o cleaned.fasta

5. 重新运行 maker

确保在 maker 配置文件中使用的是清洗后的 cleaned.fasta 文件。

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三、示例：修改 maker_config 文件

如果你使用的是 maker 的配置文件（如 maker_opts.ctl），请确认如下参数指向了正确的 FASTA 文件：

genome=cleaned.fasta

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四、其他注意事项

• 如果你使用的是 Braker，建议先运行 braker.pl，而不是直接调用 maker，因为 Braker 已经封装了完整的流程。
• 确保所有依赖工具（如 Augustus, GeneMark, RepeatMasker 等）版本兼容。

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五、总结

重点排查项：

1. 检查 FASTA 文件中是否有空字符 '' 或非法字符。
2. 使用 seqkit clean 或手动删除空行。
3. 确保 maker 的配置文件中使用的是清洗后的 FASTA 文件。

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如果你能提供部分 FASTA 文件内容，我可以帮你进一步诊断问题。