AiriSelege 2019-02-04 10:17 采纳率: 9.1%
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现在有从UCI上下载下来的一组DNA序列数据,想把他按照某种规则转换成只有0和1的序列,代码应该怎么写?

其中DNA序列是这样的,共有60个碱基
CCAGCTGCATCACAGGAGGCCAGCGAGCAGGTCTGTTCCAAGGGCCTTCGAGCCAGTCTG

然后生成的序列是要判断其中有没有特定序列,有就是1,没有就是0,由于要判断好多种特定序列,所以处理出来的结果会变成0,1组成的序列

我想从新生成的序列,生成一个可以在tensorflow直接用的数据文件

我看网上的tensorflow教程都是下载下来的数据集直接用的,现在这个要预先再处理的要怎么做呢?希望大神们能教教我,至少发个能让我学习怎么做的网站也行吖,谢谢各位了!

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  • threenewbee 2019-02-04 10:34
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    根据我的理解,你应该是转换成onehot标签,至于序列匹配,你可以用KMP算法。
    kmp算法在 python 里的实现看这个:https://blog.csdn.net/weixin_39561100/article/details/80822208

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