gromacs计算过程出错

Question

在用gromacs计算动力学时，nvt预平衡过程出现了图片中的错误，需要怎么解决？

Answer 1

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这可能是由于初始温度设置过高或者温度控制参数设置不当导致的。

解决这个问题的方法之一是降低初始温度，并适当调整温度控制参数（如温度增量 time step）。还可以检查预平衡过程中的能量变化情况，确保能量随时间稳定变化。

另外，如果系统中有高能量高活性的分子（如氧化剂），应该预先考虑并进行特殊处理，以避免爆炸问题。

可以增加温度控制的阻尼系数，防止温度过快的上升

建议还可以使用其他的温度控制方法，例如NPT，这样可以避免爆炸的问题。