gmx跑npt时遇到分组错误提示

Question

跑npt 时，指令如下
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr

遇到的问题：
Fatal error:Group water referenced in the .mdp file was not found in the index file.Group names must match either [moleculetype] names or custom index group names, in which case you must supply an index file to the '-n' option of grompp.
致命错误:中引用的水组。在索引文件中找不到mdp文件。组名必须与[moleculetype]名或自定义索引组名匹配，在这种情况下，您必须为grompp的'-n '选项提供一个索引文件。

跑的模拟没有往盒子里面加水，而是加葡萄糖和柠檬酸

求详细解答

Answer 1

参考GPT和自己的思路：

根据您的问题描述，错误提示是由于在 .mdp 文件中引用了一个名为 "water" 的分组，但在索引文件中找不到这个分组导致的。由于您的模拟系统中没有水分子，因此需要更新 .mdp 文件中的分组信息。

首先，您需要用命令 gmx make_ndx 来创建一个新的索引文件，其中包含您的葡萄糖和柠檬酸分子。在命令行中输入以下命令以创建一个新的索引文件：

gmx make_ndx -f nvt.gro -o index.ndx

在输入以上命令后，将会打开交互式编辑器。您需要使用以下命令来创建一个名为 "System" 的新组，并将葡萄糖和柠檬酸添加到组中：

a 1-XXXX ;（XXXX为葡萄糖在文件中的原子编号）
a 1-XXXX ;（XXXX为柠檬酸在文件中的原子编号）
name 2 System

然后您需要在 npt.mdp 文件中更新水分组的名称。找到以下行：

tc-grps = Protein Non-Protein SOL

并将其更新为以下内容：

tc-grps = Protein Non-Protein System

然后再次执行 gmx grompp 命令，将新的索引文件和更新后的 .mdp 输入文件提供给该命令:

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr

这样应该能够成功运行您的 NPT 模拟，而无需使用水分子。