humann功能注释

Question

humann注释得到genefamilies文件，我已经转化为ko数据库的注释结果
如何根据数据库的注释结果，绘制了各样品在kegg各个功能层级上的相对丰度统计图，比如

Answer 1

哥哥要绘制 Humann2 的注释结果在 KEGG 数据库上的相对丰度统计图，您可以使用以下步骤：

1. 使用 Humann2 分析您的样品并得到 Gene Families 文件（例如 genefamilies.tsv）。

• 1. 将 Gene Families 文件转换为 KEGG Orthology (KO) 注释文件。Humann2 包括一个名为 humann2_regroup_table 的工具，可以将基因家族重新映射到 KO。示例命令如下：

  humann2_regroup_table --input genefamilies.tsv --output ko_genefamilies.tsv --groups uniref90_ko
  

  这将基于 KEGG 数据库中的 UniRef90 序列将 Gene Families 重新映射到 KO，并生成一个新的 KO 注释文件 ko_genefamilies.tsv。

1. 使用统计软件（例如 R）加载 KO 注释文件，并根据需要进行数据预处理和筛选。

1. 绘制相对丰度统计图。使用 R 绘图库（例如 ggplot2）或其他统计软件的绘图工具，绘制每个样品中 KO 相对丰度的统计图。您可以根据需要选择不同的绘图类型和样式，例如柱状图、热图或气泡图。

1. 如果需要，可以将不同功能层次分别绘制到同一张图中，以便比较不同功能层次之间的相对丰度差异。您可以使用堆叠柱状图或分组柱状图等方式来实现这一点。

需要注意的是，绘制 Humann2 结果的相对丰度统计图可能需要进行多次调整和优化，以满足您特定的研究问题和数据格式。但是，以上步骤应该可以帮助您入门并开始探索 Humann2 结果的可视化。