使用maftools包读取maf文件，提示缺失hugo——symbol

Question

使用maftools包读取maf文件，提示缺失hugo——symbol，但是原数据中是有这一列的，求解，不知道是数据还是操作出了问题

library(maftools)

#读取合并的maf文件
laml <- read.maf(maf = "tcga_tnbc_mutations_matched.txt")
-Reading
|--------------------------------------------------|
|==================================================|
-Validating
Error in validateMaf(maf = maf, isTCGA = isTCGA, rdup = removeDuplicatedVariants,  : 
  missing required fields from MAF: Hugo_Symbol

Answer 1

根据您提供的信息，看起来您的MAF文件缺少"Hugo_Symbol"这个列。这可能是由于数据本身的问题，也可能是由于读取MAF文件的方法不正确。

建议您检查一下MAF文件的列名是否正确，是否包含"Hugo_Symbol"这个列。如果确实存在这个列，您可以尝试使用其他的MAF文件读取方法，例如使用read.table函数读取MAF文件，并手动指定列名。

以下是一个示例代码，可以使用read.table函数读取MAF文件，并手动指定列名：

读取MAF文件

laml <- read.table("tcga_tnbc_mutations_matched.txt", header = TRUE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)

指定列名

colnames(laml) <- c("Hugo_Symbol", "Entrez_Gene_Id", "Center", "NCBI_Build", "Chromosome", "Start_Position", "End_Position", "Strand", "Variant_Classification", "Variant_Type", "Reference_Allele", "Tumor_Seq_Allele1", "Tumor_Seq_Allele2", "dbSNP_RS", "dbSNP_Val_Status", "Tumor_Sample_Barcode", "Matched_Norm_Sample_Barcode", "Match_Norm_Seq_Allele1", "Match_Norm_Seq_Allele2", "Tumor_Validation_Allele1", "Tumor_Validation_Allele2", "Match_Norm_Validation_Allele1", "Match_Norm_Validation_Allele2", "Verification_Status", "Validation_Status", "Mutation_Status", "Sequencing_Phase", "Sequence_Source", "Validation_Method", "Score", "BAM_File", "Sequencer", "Tumor_Sample_UUID", "Matched_Norm_Sample_UUID")

将数据转换为MAF对象

laml_maf <- as.Maf(laml)
请注意，上述代码中指定的列名仅适用于示例数据，您需要根据您自己的数据来指定正确的列名。希望这个代码可以帮助您解决问题。