R语言安装包总是报错，本地安装也不行。总是提示安装有非0出口

Question

小白一枚，安装bioconductor里面的"org.Hs.eg.db"包，总是不成功。。

Warning messages:
1: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
downloaded length 48910336 != reported length 81813830
2: In install.packages(...) :
installation of package ‘org.Hs.eg.db’ had non-zero exit status

有没有大神帮忙解答下

Answer 1

以下回答参考 皆我百晓生、券券喵儿 等免费微信小程序相关内容作答，并由本人整理回复。

在你的问题中，你提到遇到了一个错误，当尝试下载并安装org.Hs.eg.db包时，它没有成功并且出现了一些警告信息。这里有一些可能的解决方案来解决这个问题：

解决方案一：更新Bioconductor源码

首先，请确保你已经安装了最新版本的BiocManager包（如果还没有的话）。你可以使用以下命令来安装：

sudo R -e 'library(BiocManager); install.packages("BiocManager")'

然后，你需要更新Bioconductor源码。这可以通过执行以下命令完成：

sudo R -e 'BiocBuild::update_source(); BiocBuild::build_vignettes(c("org.Hs.eg.db")); BiocBuild::clean_build()'

这个过程可能会花费一些时间，所以耐心等待。

解决方案二：检查包路径和权限

确保R_HOME环境变量设置正确，并且具有足够的权限访问这些文件夹。可以使用以下命令检查R_HOME：

echo $R_HOME

然后，使用以下命令检查是否有足够的权限：

ls -ld /path/to/R_home

如果权限不足，你需要增加对这些目录的权限：

chmod -R g+w /path/to/R_home

注意替换 /path/to/R_home 为实际的路径。

解决方案三：卸载并重新安装

如果你已经尝试过所有上述方法但仍然遇到问题，可能是由于包已经被删除或损坏。在这种情况下，你可以选择卸载并重新安装org.Hs.eg.db包。这可以通过以下命令完成：

rm -rf /path/to/R_home/org.Hs.eg.db/
Rscript install.R

再次运行install.packages()命令以安装新版本的org.Hs.eg.db包。

希望这些建议能帮助到你！