有没有会R语言的大神，帮忙看一下这段代码为什么显示参数有错误

Question

> #install.packages("colorspace")
> #install.packages("stringi")
> #source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> #biocLite("DOSE")
> #biocLite("clusterProfiler")
> #biocLite("pathview")
> 
> setwd("C:\\Users\\sdkj\\Desktop\\HYZtcmsp\\13.GO")
> library("clusterProfiler")

Registered S3 method overwritten by 'enrichplot':
  method               from
  fortify.enrichResult DOSE
clusterProfiler v3.14.2  For help: https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler

If you use clusterProfiler in published research, please cite:
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han, Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287.
> library("org.Hs.eg.db")
> rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
> rt=rt[is.na(rt[,"entrezID"])==F,]
> 
> cor=rt$logFC
> gene=rt$entrezID
> names(cor)=gene
> 
> #GO富集分析
> kk <- enrichGO(gene = gene,OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff = 0.05)
> write.table(kk,file="GO.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)
> 
> #柱状图
> tiff(file="barplot.tiff",width = 35,height = 20,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
> barplot(kk, drop = TRUE, showCategory =20)
Error in farver::decode_colour(colors, alpha = TRUE, to = "lab", na_value = "transparent") : 
  参数没有用(na_value = "transparent")
> dev.off()
null device 
          1 
> 
> #点图
> tiff(file="dotplot.tiff",width = 35,height = 20,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
> dotplot(kk,showCategory = 20)
Error in farver::decode_colour(colors, alpha = TRUE, to = "lab", na_value = "transparent") : 
  参数没有用(na_value = "transparent")
> dev.off()
null device 
          1 
> 
> 
> 
> 
参数没有用是啥意思？

Answer 1

这个错误提示的意思是你的代码试图使用一个没有定义的参数。在你的代码中，这个问题出现在你尝试使用farver::decode_colour函数时，其中的参数na_value = "transparent"并没有被正确地使用。

farver::decode_colour函数是farver包的decode_colour函数的别名。这个函数主要用于将R中的颜色编码解码为人类可读的颜色。然而，你的代码中na_value = "transparent"这个参数并不能被farver::decode_colour函数识别，也就是说，这个函数并不接受这个参数。

在你的代码中，问题可能出现在你试图在barplot和dotplot函数中使用farver::decode_colour函数的地方。你可能需要检查你的包版本是否正确，或者你是否正确地使用了这些函数。

首先，你需要确认你已经正确地安装了所有需要的包，包括clusterProfiler、org.Hs.eg.db和farver。然后，你需要确认你的包版本是最新的，特别是farver包，因为在旧的版本中可能存在一些已知的问题。

如果你确认你的包版本都是最新的，那么你需要检查你的代码是否正确地使用了这些函数。例如，你可能需要检查你是否正确地提供了每个函数的参数，或者你是否试图使用一个并不存在的参数。