tombo text_output

Question

tombo text_output ERROR：No reads present in --fast5-basedirs.

tombo text_output:

In the previous tonbo detect_modifications, the resulting.tombo.stat file was only 10KB.
Open the.tombo.stat file with HDFView. It is empty.

What should I do? Thanks!

Answer 1

这个错误信息“No reads present in --fast5-basedirs”来自Tombo软件，意味着在指定的--fast5-basedirs目录中没有找到任何读取（reads）数据。

Tombo是一个用于分析纳米孔测序（Nanopore sequencing）数据的工具，特别是处理由Oxford Nanopore Technologies产生的FAST5文件。这些文件包含了测序的原始电信号和其他元数据。

出现这个错误的原因可能有以下几点：

目录错误：指定的--fast5-basedirs目录可能不正确，或者该目录下确实没有FAST5文件。
文件权限：可能由于文件或目录的权限问题，Tombo无法访问或读取这些FAST5文件。
文件格式：确保你的FAST5文件是正确和完整的。有时，损坏或不完整的文件可能导致读取错误。
软件版本：确保你使用的Tombo版本与你的FAST5文件格式兼容。有时，随着技术的更新，新的FAST5格式可能不被旧版本的Tombo所支持。
为了解决这个问题，你可以：

检查指定的目录路径是否正确。
使用ls或其他文件浏览工具确认FAST5文件确实存在于该目录中。
确保你有足够的权限来读取这些文件。
尝试使用最新版本的Tombo。
如果问题仍然存在，考虑查看Tombo的文档或寻求社区的帮助。