Wong Zaak 2021-11-14 22:48 采纳率: 100%
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已结题

生信TCGA差异基因分析getDiffExpressedGenes报错

我就按的模板输入的代码

library(RTCGAToolbox)
length.MArrayLM<-function(x)prob(dim(x))
getFirehoseRunningDates(last=2)
getFirehoseDatasets()
Data=getFirehoseData(dataset = "ESCA",runDate = "20160128",clinical = TRUE,RNASeqGene = TRUE
                     ,forsedownload=T,Mutation = TRUE)
ESCAdiffgenes=getDiffExpressedGenes(dataObject = Data,DrawPlots = TRUE,
                                    adj.method = "BH",adj.pval = 0.05,
                                    raw.pval = 0.05,logFC = 0.05,hmTopUpN = 50,
                                    hmTopDownN = 0)

结果给我报错了 一直不行,有没有厉害的帮助一下:

Error in if (dim(dataObject@RNASeq2GeneNorm)[1] > 0 & dim(dataObject@RNASeq2GeneNorm)[2] >  : 
  argument is of length zero
In addition: Warning message:
This function is no longer maintained and will be retired.
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4条回答 默认 最新

  • 技术专家团-Joel 2021-11-15 15:14
    关注

    看仔细了,getDiffExpressedGenes这个函数里面,dataObject@RNASeq2GeneNorm可能是一个空的量,所以dim出来也都是0

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