用您的方法载入jaspar2018后，注释得到的转录因子有MA0057.1_MZF1(var.2)，在jaspar数据库中搜索不到MA0057.1，请问是什么原因呢？？还有就是这里的(var.2)代表什么呀？？
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- 2021-01-03 14:55米哥说淘客的博客 先放reference：Github上Greenleaf实验室的代码：GreenleafLab/chromVAR论文原文：https://www.nature.com/articles/nmeth.4401参考了中文版的简书作者的文章：Week4— chromVAR:预测染色质可及性相关的转录因子作者...
- 2021-04-08 11:20徐洲更hoptop的博客 chromVAR是一个用于分析稀疏染色质开放的R包。chromVAR的输入文件包括，ATAC-seq处理后的fragments文件(过滤重复和低质量数据), DNAse-seq实验结果，以及基因组注释(例如motif位置) chromVAR先根据所有细胞或者样本...
- 2025-07-21 16:47快学习学习学习的博客 摘要：本文记录了在R中安装SingleR包时遇到的编译错误及解决过程。主要问题包括依赖包rhdf5filters、sparseMatrixStats等编译失败，提示g++工具链缺失。通过配置环境变量、尝试二进制安装（BiocManager::install...
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- 2025-12-16 11:16PixelWander的博客 掌握生物信息的 R 语言表观遗传分析关键技巧，避开90%科研新人常犯错误。涵盖ChIP-seq、DNA甲基化数据处理，dplyr与ggplot2高效实操，提升分析准确性与效率。方法实用、代码可复用，值得收藏
- 2024-09-03 08:14SCI-MonkeyKing的博客 R语言 高通量数据处理-2 Bam_To_Counts 注意：注释的部分代码，第一次执行时候处理一下，后面可以忽略执行其他部分；
- 2024-04-28 09:43追风少年ii的博客 加载数据 library(chromVAR) library(JASPAR2020) library(TFBSTools) library(motifmatchr) library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) # Scan the DNA sequence of each peak for the presence of each motif, and ...
- 2024-04-24 10:05武艺晴小朋友你好的博客 2）greenleaf文中的对这一部分的描述如下：We used the cell-by-peaks and the Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences (CIS-BP) motif (from chromVAR motifs ‘human_pwms_v1’) matches within these ...
- 2022-11-11 10:15qq_39306047的博客 conda
- 2024-12-24 14:39生信碱移的博客 ②基于motifs的方法（如chromVAR、SCENIC等）难以区分相似motifs的同家族TF，且无法评估非直接结合DNA的CR。另一方面，ChIP-seq是一种在群体细胞水平上直接解析TR结合的手段，其结合位点的准确性高于
- 2020-08-14 12:21徐洲更hoptop的博客 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十二章) 第13章: ArchR的ChromVAR偏离富集分析 正如之前章节所提到的，TF motif富集可以...
- 2024-10-08 20:11数据科学工厂的博客 为了简化 Signac 平台上的基序分析工作，设计了一个名为 Motif 的类来存储所有必要的数据，这包括一系列位置权重矩阵（PWMs）或位置...选定背景峰集 在寻找富集的 DNA 序列基序时，确保背景峰集的匹配性是至关重要的。
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- 2024-02-29 14:36拜托啦！狮子的博客 并对红细胞系中的每种细胞类型的ISM 分数做了平均。计算已知的该细胞类型的PWM分数，与预测的ISM分数 之间的PCC ，影响最大的核苷酸对应于 GATA1 和 KLF1 motif，众所周知，它们能与该增强子区域结合，并调控β-...
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