手上有两个细菌的二代测序结果,想自己尝试组装成完整的基因组。我自己流程为:
1、使用FastQC对raw-date进行质量评估,指导接下里需要对基因组的处理,譬如,过滤,裁剪等。
2、发现数据杂质较多,所以,采用“Trimmomatic”过滤
3、过滤后的文件,用“Kmergenie”来预测最佳的kmer值。
4、使用spade软件进行拼接
5、用quast评估这一阶段拼接结果
6、spade软件拼接的结果是contig,所以想用映射组装,得到较为完整的基因组。
接下来的映射组装(又称“基于参考序列的基因组组装”)这一步卡壳了,我本来打算使用“RagTag”这个工具,但是这个工具使用并不顺利,例如:我用“ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta”这个命令,得到的输出结果,没有直接输出一个fasta文件,我猜想是还需要后续的操作才能生成想要的结果,但是也还不清楚怎么操作。另外,有没有类似软件的推荐?