背景基因 KEGG富集

Question

用clusterProfiler作KEGG富集分析时，我用KAAS里注释的KO号和基因作背景基因集，用的是GENG id 的格式，我的差异基因也是同样的格式，富集过程报错，显示未富集到，Expected input gene ID: 122924720 ,122933819 ,122941295 ,122931065 ,122935307 ,122935929 ，调整了参数仍就不对

x <- enricher(Ugene,TERM2GENE=ko2gene,TERM2NAME=ko2name,pvalueCutoff = 0.05,

• pAdjustMethod = "BH",qvalueCutoff = 0.2)

--> No gene can be mapped
--> Expected input gene ID: 122924720 ,122933819 ,122941295 ,122931065 ,122935307 ,122935929
--> return NULL

ID切换，不成功

希望找到原因，解决问题

Answer 1

• 建议你看下这篇博客👉 ：KEGG功能富集气泡图