请大哥们看看我这个生信数据导入和处理出了什么问题

Question

#原始数据的处理（RAW）
AffyBatch=ReadAffy("GSE31684_RAW")
错误: the following are not valid files:
GSE31684_RAW
n.Sample = length(AffyBatch$sample)
SampleFiles=sampleNames(AffyBatch)
SampleNames=apply(as.matrix(SampleFiles),1,function(x){unlist(strsplit(x,"\."))[1]})
SampleNames

生信分析：导入数据的时候为什么我找不到这个数据集，里面是cel文件，说这个不是有效文件，有没有什么解决办法
（这个GSE31684_RAW是文件夹）

Answer 1

ReadAffy()函数读取的是指定的CEL文件，第一个参数是filename及文件名，你传入的却是一个文件夹路径，自然“不是有效文件“，函数定义如下：

ReadAffy(filenames, widget=F,celfile.path)；
ReadAffy在不输入任何参数的时候表示读取工作路径下所有的CEL文件。若输入ReadAffy(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件

可以试试传入CEL文件名或者使用celfile.path参数指定路径：

ReadAffy(celfile.path = "GSE31684_RAW")

也可以通过设置工作路径的方式：

setwd("GSE31684_RAW")
batch = ReadAffy()
读取整个工作路径下所有.cel，或者ReadAffy(widget=TRUE)进行可视化操作和选择