GOplot报错value = character(0)

Question

在用GOplot画富集分析图的时候，出现错误

Error in $<-.data.frame(*tmp*, "genes", value = character(0)) :
替换数据里有0行，但数据有811

deg_genelist=read.table("deg_genelist.txt")  #读入差异分析结果
GO_Enrichment=read.table("data/clusterProfiler_GO_result.txt",
                         sep="\t",header = T,check.names = F)  #读入GO富集分析结果
circ=circle_dat(GO_Enrichment,deg_genelist)  #合并上述两个结果

运行结果及报错内容

Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "genes", value = character(0)) : 
  替换数据里有0行，但数据有811

我的解答思路和尝试过的方法

有人说是geneID里面基因间不可用/分隔，得用， 分隔，我试了一下
GO_Enrichment$geneID=gsub("/",", ",GO_Enrichment$geneID)
但是还是报错

而且同样的数据我用clusterFiler画图是可以画出来的

我想要达到的结果

想请问这个报错该怎么解决？

Answer 1

检查一下deg_genelist和GO_Enrichment是否读入成功了，我看你差异结果导入又没有读取表头，其次GO富集结果要这5列数据都齐

circle_dat(terms, genes)
#terms：A data frame with columns for 'category', 'ID', 'term', adjusted p-value ('adj_pval') and 'genes'
#genes：A data frame with columns for 'ID', 'logFC'