R语言RcisTarget分析无法读取feather文件

Question

问题遇到的现象和发生背景

尝试使用RcisTarget进行单细胞转录因子分析时，无法读取从官网下载的feather文件

代码

library(RcisTarget)

motif.anno=importAnnotations('motifs-v10nr_clust-nr.mgi-m0.001-o0.0.tbl')
motifRankings <- importRankings("mm10_10kbp_up_10kbp_down_full_tx_v10_clust.genes_vs_motifs.rankings.feather")
mm10=read_feather('mm10_10kbp_up_10kbp_down_full_tx_v10_clust.genes_vs_motifs.rankings.feather')
mm10=write_feather('mm10_10kbp_up_10kbp_down_full_tx_v10_clust.genes_vs_motifs.rankings.feather',version = 1)

报错

motifRankings <- importRankings("mm10_10kbp_up_10kbp_down_full_tx_v10_clust.genes_vs_motifs.rankings.feather")
Error in openFeather(path) : Invalid: Not a feather file

我的解答思路和尝试过的方法

网上查询说有可能是feather文件版本的问题，但是尝试用arrow包去更改文件版本时也报错

library(arrow)
mm10=read_feather('mm10_10kbp_up_10kbp_down_full_tx_v10_clust.genes_vs_motifs.rankings.feather')
mm10=write_feather(mm10,'.',version = 1)

再次报错

mm10=write_feather(mm10,'.',version = 1)
Error: IOError: Failed to open local file 'D:/R-4.0.3/training/2022.12.09'. Detail: [Windows error 5] 拒绝访问。

求各位指点

Answer 1

看到你的代码，我想到了几点可能会导致问题的原因：

文件路径错误：在使用 RcisTarget 包的 importRankings 函数时，你提供的文件路径可能不正确。你可以使用 getwd() 函数检查当前的工作目录，并确保文件的路径是以工作目录为基础的。

文件名错误：你提供的文件名可能不正确，或者文件名中的大小写不一致。你可以使用 dir() 函数检查工作目录下是否有提供的文件，并确保文件名是正确的。

文件格式错误：你提供的文件可能并不是 feather 格式的文件。你可以使用 file.info() 函数检查文件的类型，并确保文件是 feather 格式的。

文件版本错误：feather 格式的文件有多个版本，如果你下载的文件版本与你所使用的 R 包不兼容，那么也可能导致读取错误。你可以使用 arrow 包的 read_feather 函数读取文件，并检查它是否有 version 属性，以确保文件版本是否匹配。

你可以通过检查这些因素来找出问题的原因，并找到解决方案。