sra转fastq时出现的问题

Question

输入fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR3589957.sra后出现下面错误
2023-01-15T13:22:22 fastq-dump.2.11.3 err: libs/vfs/manager.c:2277:VFSManagerOpenDirectoryReadKfs: directory not found while opening manager within virtual file system module - failed to open 'SRR3589957.sra
求解决方法，感谢'

Answer 1

这个错误可能是因为文件路径不存在或文件名错误导致的。请确保文件路径是正确的，并确保文件名没有拼写错误。

另外，你可能需要安装 SRA 工具套件，使用 fastq-dump 工具来转换 SRA 文件到 fastq 格式。

可以使用以下命令安装SRA工具套件：

sudo apt-get install sra-toolkit
安装完成后，再次运行 fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR3589957.sra 命令，就可以成功转换SRA文件到fastq格式了。