在此问题中我会直接提供我的metadata.csv文件, 里面记载着所有DICOM档案的file path: file_location 栏位當中。
请帮助我! 写一个function能够直接转换所有的DICOM档案, 转成jpg或是png档案。
满紧急的! 請各位专家帮助。
我想应该是算满简单的? , 但是对我这个程式新芽来说不太容易, 急需协助。 最好是能直接写出function!
以下我附上我的csv档案google drive链接, 我的file_path已经转换成我自己local端的绝对路径了。
https://drive.google.com/file/d/1IaDd7XYIPmX9tynBRUspqgwZtB1ZHFJp/view?usp=share_link
如果无法下载请直接加我微信跟我拿!
祝幫助我的兄弟姐妹們發!
我提供metadata.csv,請幫我寫一個function轉換所有DICOM檔!
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- cjh4312 2023-01-23 18:58关注
import pydicom import os import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import pandas as pd def cov_img(file): dcm = pydicom.read_file(f"{file}.dcm") uid = dcm.SOPInstanceUID img_arr = dcm.pixel_array lens = img_arr.shape[0]*img_arr.shape[1] arr_temp = np.reshape(img_arr,(lens,)) max_val = max(arr_temp) min_val = min(arr_temp) img_arr = (img_arr-min_val)/(max_val-min_val) # 绘制图像并保存 plt.figure(figsize=(12,12),dpi=250) # 图像大小可以根据文件不同进行设置 plt.imshow(img_arr,cmap=plt.cm.bone) plt.title("UID:{}".format(uid)) plt.savefig(f"{file}.jpg") #plt.close() dd=pd.read_csv('e:/metadata2.csv') for i in range(len(dd)): file_path=dd.loc[i,'File_Location'] cov_img(file_path)
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