Eric12219180 2023-01-23 17:55 采纳率: 62.2%
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已结题

我提供metadata.csv,請幫我寫一個function轉換所有DICOM檔!

在此问题中我会直接提供我的metadata.csv文件, 里面记载着所有DICOM档案的file path: file_location 栏位當中。
请帮助我! 写一个function能够直接转换所有的DICOM档案, 转成jpg或是png档案
满紧急的! 請各位专家帮助。
我想应该是算满简单的? , 但是对我这个程式新芽来说不太容易, 急需协助。 最好是能直接写出function!
以下我附上我的csv档案google drive链接, 我的file_path已经转换成我自己local端的绝对路径了。
https://drive.google.com/file/d/1IaDd7XYIPmX9tynBRUspqgwZtB1ZHFJp/view?usp=share_link 如果无法下载请直接加我微信跟我拿!
祝幫助我的兄弟姐妹們發!

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  • cjh4312 2023-01-23 18:58
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    import pydicom
    import os
    import matplotlib.pyplot as plt
    import numpy as np
    import pandas as pd
    
    def cov_img(file):
        dcm = pydicom.read_file(f"{file}.dcm")    
        uid = dcm.SOPInstanceUID
        img_arr = dcm.pixel_array
        lens = img_arr.shape[0]*img_arr.shape[1]
        arr_temp = np.reshape(img_arr,(lens,))
        max_val = max(arr_temp)
        min_val = min(arr_temp)
        img_arr = (img_arr-min_val)/(max_val-min_val)
        # 绘制图像并保存
        plt.figure(figsize=(12,12),dpi=250) # 图像大小可以根据文件不同进行设置
        plt.imshow(img_arr,cmap=plt.cm.bone)
        plt.title("UID:{}".format(uid))
        plt.savefig(f"{file}.jpg")
        #plt.close()
        
    dd=pd.read_csv('e:/metadata2.csv')
    for i in range(len(dd)):
        file_path=dd.loc[i,'File_Location']
        cov_img(file_path)
    
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