在cmder中下载sra数据后要把sra数据转化成fastq时出现呢以下界面
求解决方法，感谢
在cmder中下载sra数据后要把sra数据转化成fastq时出现呢以下界面
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- hgang2000 2023-02-07 14:35关注
这是因为您没有正确下载sra数据，请重新下载sra数据，然后再尝试转换成fastq格式。
- 首先，在NCBI SRA数据库中搜索您需要的sra数据；
- 然后，使用wget命令下载sra数据，例如：wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR358/SRR3589958/SRR3589958.sra
- 最后，使用fastq-dump命令将sra数据转换成fastq格式，例如：fastq-dump --split-files SRR3589958.sra
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- 2022-11-17 20:54回答 2 已采纳 找到一份他人获取样本的网站网址，不知是否适合你？查看样本列表：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP115453【不过已经注明，只可以看到该数据集共有182
- 2023-01-14 21:40回答 1 已采纳 望采纳！！！点击回答右侧采纳即可！ 解决方法： 打开终端，输入以下命令：sudo xattr -r -d com.apple.quarantine /Applications/sratoolkit.2
- 2019-08-19 17:58回答 2 已采纳 已经明白如何操作，终端目录跳到bin后，直接输入./vdb-config -i,就可以打开页面改变工作地址
- 2024-05-10 18:14啥也不是·的博客 NCBI下载SRA数据，并转换为fastq格式
- 2021-12-21 19:52回答 1 已采纳 Convert.ToInt32(textBox22.Text) 的结果用一个变量代替，不要多次转换，其他关于计算的部分貌似没有办法优化了 再一个，关于写文件的部分，是否存在并发等待，如果存在，看看是否
- 2022-02-03 21:50回答 4 已采纳 $ cat test.awk !/^[ \t]*#/ { keyword = substr($2, 5, 11); count[keyword]++; } END { for
- 2023-01-15 13:48回答 2 已采纳 建议你看下这篇博客👉 ：在source .bashrc出现的bash命令找不到的解决办法
- 2023-04-17 13:322301_77260943的博客 此处的绝对路径可在进入fastq目录后用pwd显示出绝对路径，然后用fqdir=绝对路径。#-O 输出文件名，前面设置了｛fqdir｝，因此生成的文件会被直接放入fastq中。#此处我不能直接调用fastq-dump，因此需要在前面加入...
- 2016-03-03 05:19回答 5 已采纳 Please try this <?php $jobid = @$_REQUEST['JobID']; $part_id = @$_REQUEST[
- 2022-03-05 19:19回答 3 已采纳 将test.xml文件放在xml-info.py的同一目录下，运行如下代码即可： import argparse from lxml import etree parser=argparse.Argu
- 2022-01-24 23:56回答 10 已采纳 代码私发你了，拿你的6个代码测试通过了
- 2023-04-13 19:37小七白痴的博客 我在下载过程中网络中断，删除了未下载完的文件夹，使用删除命令remove-rm。-f：–force 不提示，强制删除文件或目录，但是会忽略不存在的文件。-i：–interactive 进行交互式删除，删除前逐一询问确认。-v： --...
- 2023-01-15 10:47回答 1 已采纳 这个错误信息表明 vdb-config 工具在尝试导入 ngc 密钥时无法找到指定的文件。可能原因有以下几种： 文件路径是否正确：确保你提供的文件路径是正确的，是否存在文件名称拼写错误文件权限问题：确
- 2024-04-04 19:52生信与基因组学的博客 SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分
- 2024-05-12 09:22单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分
- 2019-11-04 00:32XH生信ML笔记的博客 导入PATH，使其在任何terminal中均可使用 export PATH=$PATH:your directory/ncbi-blast-2.9.0+/bin cd ~ vim ~/.bash_profile source ~/.bash_profile 使用命令 建立数据库 makeblastdb -in ...
- 2021-05-15 17:30xian zhang的博客 引用网址：1.SRA Toolkit 的安装cd /opt/wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gztar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gzmv sra.. sratoolkitcd ...
- 2019-10-25 19:48铭&婵旭的博客 转换文件需要使用sratoolkit软件，所以首先要下载，先说下下载、解压、安装这个软件。我事先在我的Linux目录下新建一个文件夹software用来存放下载的软件，新建文件夹命令：mkdir software，然后就在这个文件夹下载...
- 2021-05-17 20:21明儿去打球的博客 记录下下载sra数据的历程。曲折啊。下载sra files的目的是为了获得相应的fastq或sam files，进而进行分析。第1选择 -- Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或...
- 2019-06-22 14:31Chipeyown的博客 对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能...但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
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2月7日
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