GEO下载的series_matrix数据中有负数？

Question

已经查看平台的注释信息，该芯片数据为单通道数据，且已经进行过标准化和归一化，但是为什么会有负值？可以直接进行应用数据吗？还是需要如何处理？

Answer 1

在series_matrix数据中，有些表达值是负数，这可能是因为预处理的方法或者平台的原因。一种常见的预处理方法是RMA（Robust Multi-array Average），它会对原始数据进行背景校正、归一化和汇总，得到一个log2转换后的表达值。如果原始数据中有很多低信号或者噪音，那么经过RMA处理后，可能会出现负值。

负值的表达值并不一定代表基因没有表达，而是相对于其他基因的表达水平而言的。如果你想对series_matrix数据进行进一步的分析，比如差异表达分析，你可以直接使用负值，或者将负值设为一个较小的正值，比如0.011。你也可以查看series_matrix数据中的注释信息，了解数据是如何处理的，以及是否有其他的质量控制或者过滤的步骤。