关于KEGG气泡图分析

Question

关于气泡图分析（KEGG气泡图）

求问各位，我有几个通路的pvalue为0，做出来的泡泡是灰色的，请问这是不是说明这灰泡泡比红泡泡更具有相关性呢？（主要看了一些论文，没有发现有这种情况的）

这些灰泡泡所在的通路需要删去吗？

Answer 1

在KEGG气泡图中，泡泡的颜色表示通路的显著性，即p-value的大小，通常红色泡泡表示显著差异，而灰色泡泡则表示未显著差异。因此，如果您的分析结果中出现了p-value为0的通路，那么对应的泡泡就会变成灰色的。这并不意味着灰色泡泡比红色泡泡更具有相关性，而是说明这些通路在您的样本中没有显著差异。

关于这些灰色泡泡所在的通路是否需要删去，这需要根据具体的研究问题和数据特点来考虑。如果这些通路和您的研究问题无关，可以将其删除；如果这些通路和您的研究问题有关，可以考虑在后续的分析中结合其他数据和实验结果进行综合分析。