大家们帮看看为什么我kraken2自建数据库创建索引失败啊

Question

(base) [root@centos7-02-66b664b9d9-7z986 shujuku]# kraken2-build --build --threads 15 --db kraken --fast-build
Creating sequence ID to taxonomy ID map (step 1)...
Sequence ID to taxonomy ID map complete. [0.325s]
Estimating required capacity (step 2)...
Estimated hash table requirement: 68276765256 bytes
Capacity estimation complete. [38m56.055s]
Building database files (step 3)...
Taxonomy parsed and converted.
xargs: cat: terminated by signal 13
/root/miniconda3/libexec/build_kraken2_db.sh: line 143: 26553 Done                    list_sequence_files
     26554 Exit 125                | xargs -0 cat
     26555 Killed                  | build_db -k $KRAKEN2_KMER_LEN -l $KRAKEN2_MINIMIZER_LEN -S $KRAKEN2_SEED_TEMPLATE $KRAKEN2XFLAG -H hash.k2d.tmp -t taxo.k2d.tmp -o opts.k2d.tmp -n taxonomy/ -m $seqid2taxid_map_file -c $required_capacity -p $KRAKEN2_THREAD_CT $max_db_flag -B $KRAKEN2_BLOCK_SIZE -b $KRAKEN2_SUBBLOCK_SIZE -r $KRAKEN2_MIN_TAXID_BITS $fast_build_flag

Answer 1

错误信息中包含了以下内容：

xargs: cat: terminated by signal 13
build_kraken2_db.sh: line 143: 26553 Done list_sequence_files
26554 Exit 125 | xargs -0 cat
26555 Killed | build_db
这些错误信息可能指示了一些问题，但需要更多的信息才能确定具体的原因。建议您检查以下几点：

1. 您使用的是哪个版本的Kraken2？是否是最新的稳定版本？

1. 您的系统资源是否足够支持创建这么大的数据库？Kraken2的创建过程需要大量的内存和硬盘空间，建议您确保系统有足够的资源。

1. 您的输入数据是否有问题？建议您检查您输入的FASTA文件是否存在格式问题或错误。

1. 您是否已经尝试过多次运行kraken2-build，是否有其他的错误信息？

如果问题仍然存在，您可以尝试使用更详细的日志输出来获得更多信息。可以在命令行中添加--debug参数以获得更详细的输出，以帮助您确定具体的问题所在。