Linux 中sra转fastq出现的问题

Question

Linux 中sra转fastq出现的问题

这个操作是已经完成了吗，求帮助一下，好久都搞不出来

Answer 1

不知道你这个问题是否已经解决, 如果还没有解决的话:

• 给你找了一篇非常好的博客，你可以看看是否有帮助，链接：SRA到fastq格式的批量转换
• 除此之外, 这篇博客: SRA数据库及linux本地下载中的 sra转化为fastq 部分也许能够解决你的问题, 你可以仔细阅读以下内容或者直接跳转源博客中阅读:
  

    当我们拿到了sra数据并不能直接使用，需要将其转为fastq文件。数据都拿到了，转化格式当然是很简单的事了，就是跑一行命令的事情。使用SRA Toolskit中的fastq-dump软件即可。值得注意地是如果数据是pair-end的格式最好加参数--split-3，这样对于一方有而另一方没有的reads就会单独放在一个文件里。

  #sra -> fastq
  fastq-dump SRR1482463.sra --split-3 --gzip --defline-qual '+'  -A filename -O outdir
  

  四种方式你学会了，其实方式不重要，选择一个适合自己的方式即可，重要是能够获取到自己想要的数据，毕竟科研的本质是要数据来支持自己的研究。

  注意：运行prefetch时可能出现如下报错

  

  根据错误信息中的链接，SRA已经从HTTP转移到HTTPS，使SRA工具包的所有以前的版本都被淘汰。因此可能原因是下载的SRAtools版本过低，需要更新版本。最后注意硬盘容量。
  Reference： 

  https://blog.csdn.net/weixin_45214599/article/details/114847650

  https://www.jianshu.com/p/b9cea71b3a56

  NCBI下载SRA数据的4种方法 - 简书 (jianshu.com)

如果你已经解决了该问题, 非常希望你能够分享一下解决方案, 写成博客, 将相关链接放在评论区, 以帮助更多的人 ^-^