修改染色体和位置为RS号

Question

R软件修改染色体和位置为RS号
命令如下
library(dplyr)
a = read.table("exposure.csv",header=T,check.names=F,sep=",")
match = read.table("snp150_hg19.txt",header=T,check.names=F,sep=",")
need=dplyr::left_join(a,match,by="chromosome:start")
运行完need后报错如下
Error in dplyr::left_join():
! Join columns in x must be present in the data.
✖ Problem with chromosome:start.
Run rlang::last_error() to see where the error occurred.

rlang::last_error()
<error/rlang_error>
Error in dplyr::left_join():
! Join columns in x must be present in the data.
✖ Problem with chromosome:start.

---

Backtrace:

1. dplyr::left_join(a, match, by = "chromosome:start")
2. dplyr:::left_join.data.frame(a, match, by = "chromosome:start")
   Run rlang::last_trace() to see the full context.
   要怎么解决啊

Answer 1

基于Monster 组和GPT的调写：
这个问题似乎是因为 a 数据框中没有名为 chromosome:start 的列，导致左连接失败。你需要检查一下 a 数据框中列名的拼写是否正确，并确认是否存在 chromosome:start 这个列名。

此外，你在读取 match 数据框时使用的分隔符是 ,，但是根据你提供的代码和数据文件名字，snp150_hg19.txt 文件可能是以制表符或其他分隔符分隔的。你可以尝试修改 read.table 中的 sep 参数为对应的分隔符，例如 sep = "\t"（表示制表符分隔）或 sep = " "（表示空格分隔）等。