kegg富集分析时，显示结果no gene can be mapped,想问下是交叉基因太少还是什么原因

Question

kegg富集分析时，显示结果no gene can be mapped,想问下是交叉基因太少还是什么原因

> rt=read.table("interGene.txt", header=F, sep="\t", check.names=F)    
> genes=unique(as.vector(rt[,1]))
> entrezIDs=mget(genes, org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA)
> entrezIDs=as.character(entrezIDs)
> rt=data.frame(genes, entrezID=entrezIDs)
> gene=entrezIDs[entrezIDs!="NA"]       
> kk <- enrichKEGG(gene=gene, organism="hsa", pvalueCutoff=1, qvalueCutoff=1)
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"...
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/list/pathway"...
--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID: 
--> return NULL...
> KEGG=as.data.frame(kk)
> KEGG$geneID=as.character(sapply(KEGG$geneID,function(x)paste(rt$genes[match(strsplit(x,"/")[[1]],as.character(rt$entrezID))],collapse="/")))
> KEGG=KEGG[(KEGG$pvalue<pvalueFilter & KEGG$qvalue<qvalueFilter),]
> write.table(KEGG, file="KEGG.txt", sep="\t", quote=F, row.names = F)
> showNum=30
> if(nrow(KEGG)<showNum){
+     showNum=nrow(KEGG)
+ }
Error in if (nrow(KEGG) < showNum) { : argument is of length zero

Answer 1

“Devil组”引证GPT后的撰写：
在KEGG富集分析时，"No gene can be mapped"的错误通常表示输入的基因无法在KEGG数据库中找到匹配。可能的原因包括：

• 基因ID不匹配：确保使用正确的基因ID。在你的代码中，你使用的是org.Hs.egSYMBOL2EG将基因名称转换为Entrez基因ID，但也可能存在基因名称不能被转换的情况。你可以通过检查entrezIDs来确认是否有基因无法转换为Entrez ID。

• 物种不匹配：确保在enrichKEGG函数中指定了正确的物种。在你的代码中，你指定了organism="hsa"表示人类。

• 基因交集太少：KEGG富集分析需要一定数量的基因才能进行分析。如果你的输入基因太少，可能会导致无法进行KEGG富集分析。你可以通过增加输入基因的数量来尝试解决此问题。

• 在代码中，如果KEGG分析没有返回任何结果，则无法进行以下步骤，因为KEGG是一个空数据框。因此，你需要在代码中添加一些条件来处理这种情况。

例如，在检查showNum之前，你可以添加以下代码：

if(nrow(KEGG) == 0) {
  stop("No enriched pathways found.")
}

这将在没有找到富集通路时停止代码执行，并输出相应的错误消息。