zsh784 2023-03-20 13:27 采纳率: 26.7%
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已结题

KO如何转化为Kegg通路

求如何通过KO号获得Kegg pathway分层通路
如图KO号

img


R包或者linux系统都可以

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  • Bioinfo Guy R语言领域新星创作者 2023-03-21 12:21
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    KEGGREST包

    install.packages("KEGGREST")
    library(KEGGREST)
    ko_ids <- c("K00001", "K00002", "K00003") #这里换成你的数据里ko号
    for (ko_id in ko_ids) {
      pathway_link <- get_link("pathway", ko_id)
      pathway_kgml <- parse_KGML_url(pathway_link)
      hierarchy <- pathway_kgml$pathway$entry[pathway_kgml$pathway$entry$type=="map"]$graphics$group
      print(paste("KO", ko_id, "所属通路分层信息:"))
      print(hierarchy)
    }
    
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