KO如何转化为Kegg通路

Question

求如何通过KO号获得Kegg pathway分层通路
如图KO号

R包或者linux系统都可以

Answer 1

KEGGREST包

install.packages("KEGGREST")
library(KEGGREST)
ko_ids <- c("K00001", "K00002", "K00003") #这里换成你的数据里ko号
for (ko_id in ko_ids) {
  pathway_link <- get_link("pathway", ko_id)
  pathway_kgml <- parse_KGML_url(pathway_link)
  hierarchy <- pathway_kgml$pathway$entry[pathway_kgml$pathway$entry$type=="map"]$graphics$group
  print(paste("KO", ko_id, "所属通路分层信息："))
  print(hierarchy)
}