将DICOM批量转化成PNG格式报错

Question

问题遇到的现象和发生背景

使用yala / OncoData_Public Public将DICOM格式批量转化PNG格式报错

遇到的现象和发生背景，请写出第一个错误信息

图片转化不成功

用代码块功能插入代码，请勿粘贴截图。 不用代码块回答率下降 50%

我使用如下代码加载dicom_to_png.py程序

python dicom_to_png.py \
    --dicom_dir /media/bsuo/Elements/CT_image/NLST-937/manifest-NLST_allCT/NLST/ \ 
    --png_dir /media/bsuo/Elements/CT_image/NLST-937/manifest-NLST_allCT/Sybil_PNG/ \
    --dcmtk \
    --dicom_types generic \
    --window

运行结果及详细报错内容

[Errno 2] No such file or directory: 'dcmj2pnm'

我想要达到的结果，如果你需要快速回答，请尝试 “付费悬赏”

希望帮忙debug

Answer 1

基于最新版ChatGPT4的回答，望采纳!!!有其他问题也可以询问我哦、”(最新版更智能，功能更加强大)

根据报错信息，“[Errno 2] No such file or directory: 'dcmj2pnm'”可以看出是缺少dcmj2pnm这个命令。dcmj2pnm是dcmtk库中的一个命令，用于将DICOM图像转换为其他图像格式。在使用该命令前，需要先安装dcmtk库。

解决方法如下：

1. 确认dcmtk库是否已经安装。在终端中输入以下命令检查：

dcmj2pnm -h

如果提示“-bash: dcmj2pnm: command not found”，则说明dcmtk库未安装。

1. 安装dcmtk库。在终端中输入以下命令安装：

sudo apt-get install dcmtk

如果提示“E: Unable to locate package dcmtk”，则说明dcmtk库未在系统源中，需要添加源后再安装。可以在终端中输入以下命令添加dcmtk库源：

sudo add-apt-repository ppa:dcmtk/daily
sudo apt-get update
sudo apt-get install dcmtk

1. 安装完成后，重新运行脚本即可。

2. 如果以上方法不起作用，还可以尝试以下方法：

   1. 手动安装dcmtk库。在dcmtk官网（https://dicom.offis.de/dcmtk.php.en）下载最新版本的dcmtk源码，解压后按照官方文档（https://dicom.offis.de/dcmtk.php.en/manuals/dcmtk/installation_guide.html）进行编译和安装。
   2. 确认dcmj2pnm是否已经在系统的PATH环境变量中。在终端中输入以下命令检查：

   echo $PATH
   

   如果没有看到dcmtk库的安装路径，可以手动将其添加到PATH环境变量中。在终端中输入以下命令：

   export PATH=$PATH:/path/to/dcmtk/bin
   

   其中，/path/to/dcmtk是dcmtk库的安装路径。可以使用which命令来确定dcmj2pnm的实际路径：

   which dcmj2pnm
   

   1. 如果还是不能解决问题，可以尝试升级或重新安装dcmtk库，或者查看操作系统和dcmtk库的兼容性是否存在问题。