R语言 SIBER包 如何修改community的线形和点型？

Question

附上SIBER包：https://cran.r-project.org/web/packages/SIBER/vignettes/Introduction-to-SIBER.html

论文中看到不同的community可以用不同线型区分，并且点型也是非默认的

我自己做出来的只能将group用颜色区分，community是同色同线形

Shape <- read.csv('D:/Research/SIBER_2.1.6/mydata/Shape.csv', header = T )
siber.example <- createSiberObject(Shape)

community.hulls.args <- list(palette(c("#81b8df","#fe827e")), lty = 1, lwd = 1)
group.ellipses.args  <- list(n = 100, p.interval = 0.40, lty = c("solid"), lwd = 3)
group.hull.args      <- list(lty = 5, col = "gray60")

par(mfrow=c(1,1))
plotSiberObject(siber.example,
                ax.pad = 2, 
                hulls = F, community.hulls.args, 
                ellipses = T, group.ellipses.args,
                group.hulls = T, group.hull.args,
                bty = "o",
                iso.order = c(1,2),
                xlab = expression({delta}^13*C~'\u2030'),
                ylab = expression({delta}^15*N~'\u2030'),
                x.limits = c(-21,-10),
                y.limits = c(4,20)
                )

直接在community.hulls.args后加pch和lty没有反应，请问各位这种情况要怎么改？

Answer 1

该回答引用ChatGPT
要修改SIBER包中的community线形和点型，需要在创建SIBER对象之前使用自定义参数来指定线形和点型的样式。使用`createSiberObject()`函数中的`community.args`参数来指定线形，使用`community.tags.args`参数来指定点型。例如，以下代码可以用虚线和星号来表示两个不同的community：

r
library(SIBER)

# 读入数据
Shape <- read.csv('D:/Research/SIBER_2.1.6/mydata/Shape.csv', header = TRUE)

# 定义community的线形和点型
community.hulls.args <- list(palette(c("#81b8df","#fe827e")), lty = c(2,3), lwd = 2)
community.tags.args <- list(pch = c(8,3), cex = 1.5)

# 创建SIBER对象
siber.example <- createSiberObject(Shape,
                                   community.args = community.hulls.args,
                                   community.tags.args = community.tags.args)

# 绘制SIBER图
plotSiberObject(siber.example,
                ax.pad = 2, 
                hulls = FALSE, 
                ellipses = TRUE, 
                group.ellipses.args = list(n = 100, p.interval = 0.40, lty = "solid", lwd = 3),
                group.hulls = TRUE, 
                group.hull.args = list(lty = 5, col = "gray60"),
                bty = "o",
                iso.order = c(1,2),
                xlab = expression({delta}^13*C ~ '\u2030'),
                ylab = expression({delta}^15*N ~ '\u2030'),
                x.limits = c(-21,-10),
                y.limits = c(4,20))

在指定参数时，需要注意以下几点：

- `community.hulls.args`和`community.tags.args`都是列表，用于指定多个community的样式。
- `lty`和`pch`都需要用向量指定每个community的样式。例如，`lty = c(1,2)`表示第一个community使用实线，第二个community使用虚线；`pch = c(1, 2)`表示第一个community使用圆圈，第二个community使用三角形。
- 如果只有一个community，则可以使用单个参数，例如`lty = 2`表示使用虚线。

此外，如果试图在`community.hulls.args`后直接添加`pch`和`lty`参数，则会因为参数名称不匹配而出现错误。应该将它们添加到新的列表中。