2301_77026894 2023-04-15 13:24 采纳率: 80%
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细胞注释-手动注释结果呈现

手动注释得出的celltype 的结果如何加到metadata 中呢,(打开metadata后不像singleR 注释后能在表中找到celltype那一列)

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  • 社区专家-Monster-XH 2023-04-15 13:38
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    基于Monster 组和GPT的调写:
    单细胞数据分析中,metadata通常是一个data.frame,包含每个单细胞样本的基本信息(如样本ID、细胞类型等)和各种注释信息。为了将手动注释的细胞类型结果添加到metadata中

    # 假设您的metadata是一个名为meta的data.frame,其中包含样本的ID和一些其他信息
    meta$celltype <- c("type1", "type2", "type1", "type3", "type2") # 假设您手动注释的结果是这些细胞的细胞类型
    
    # 您可以使用write.table()函数将metadata保存到一个新的文件中
    write.table(meta, file = "metadata_with_celltype.txt", sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)
    
    
    
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