小绵羊吃薄荷糖 2023-05-17 14:10 采纳率: 50%
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RPKM数据如何预处理？

在CEO上下载数据时，series-matirx显示2.3kb

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R语言读取后里面没有表达矩阵
于是下载单个样本的GSM文件，只有TXT格式，打开后只有两列，symbol和RPKM值，如下图所示，有部分的基因RPKM值都是1

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请问这组GEO中有18个样本的GSM数据，这种RPKM数据能继续进行差异基因分析、通路富集分析等吗？
RPKM数据如何进行预处理才能进行后续分析？
感谢

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  • MultiRibo 新星创作者: 数据科学与机器学习技术领域 2023-05-17 14:53
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    我查了你这个gse号，这是个集合，看他的子系列GSE137539和GSE137538，在附加文件都有对应的矩阵

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  • 创建了问题 5月17日