R语言做出了奇怪的火山图

Question

奇怪的火山图

p=ggplot(a,aes(logFC,-1*log10(P.Value)))+xlim(-2,2)+ylim(0,6)+
  geom_point(aes(color=significant),size=0.8,alpha=0.4)+theme_classic()+
  scale_color_manual(values = c("green","gray","red"))+
  geom_hline(yintercept = 1.3,linetype=4,linewidth=0.3)+
  geom_vline(xintercept = c(-1,1),linetype=4,linewidth=0.3)+
  theme(title=element_text(size = 18),text = element_text(size=18))+
  labs(x="log2(foldchange)",y="-log10(p_value)")

数据集a是下面这样的，有logFC，也有significant

最终火山图长这样

实在是不知道怎么回事，请各位指点一二

Answer 1

上图是高通量数据的分析结果。我换了一套芯片数据，火山图是正常的，如下图所示，字体大小、点的形状没有调节，但是分布是对的

之前的高通量数据可能是跟我数据处理方法有关，还不清楚问题在哪儿，等我把芯片数据分析完后再去学习高通量数据分析