R语言seurat 亚群提取与合并

Question

提出的亚群降维聚类注释后，怎么加回到原来的seurat对象中呢

Answer 1

将注释后的亚群降维聚类结果重新添加到原始的Seurat对象中，可以按照以下步骤进行：

将注释后的降维聚类结果导出为一个csv文件。

在R中，使用read.csv()函数读取该csv文件，将其转换为一个数据框。

从原始的Seurat对象中获取聚类结果的信息，例如聚类标签（cluster IDs）和细胞名称（cell names）。

将注释后的降维聚类结果与聚类标签和细胞名称进行合并，生成一个新的数据框。

将新的数据框转换为一个Seurat对象。

将新的Seurat对象与原始的Seurat对象进行合并，使用MergeSeurat()函数。

检查合并后的Seurat对象，确保注释后的降维聚类结果已经成功添加到原始的Seurat对象中。

下面是一个例子，演示了如何将注释后的亚群降维聚类结果添加到原始的Seurat对象中：

读取降维聚类结果的csv文件

dim_red_clusters <- read.csv("dim_red_clusters.csv", row.names = 1)

获取原始Seurat对象的聚类信息

cluster_ids <- Idents(seurat_obj)
cell_names <- rownames(seurat_obj@assays$RNA@data)

根据聚类标签和细胞名称，将聚类结果和原始数据合并

new_clusters <- data.frame(cluster_ids, cell_names, dim_red_clusters)
new_seurat_obj <- CreateSeuratObject(new_clusters)

将新的Seurat对象与原始Seurat对象进行合并

merged_seurat_obj <- MergeSeurat(seurat_obj, new_seurat_obj)

检查合并后的Seurat对象

merged_seurat_obj
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