KEGG数据库转化问题

Question

KEGG Orthology (KO) 丰富度转化为KEGG Pathway和KEGG module 丰富度

Answer 1

一楼的代码我看了，题主你看看是不是你的包没有安装成功，你可以用install.packages("KEGGgraph")
这个包来做：

library(KEGGgraph)
pathway_data <- keggGet("pathway")
module_data <- keggGet("module")

write.csv(pathway_data, file = "pathway_data.csv", row.names = FALSE)
write.csv(module_data, file = "module_data.csv", row.names = FALSE)