TCGA以06A标号的样本，是转移后到转移的位置采集的样本，还是转移前的样本？
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- 2024-04-05 03:05R语言是一种用于统计计算和图形表示的编程语言和软件环境。R语言在生物信息学领域得到了广泛的应用，特别是在处理和分析基因组数据方面。通过R语言，研究人员可以方便地对TCGA数据进行下载、处理、分析和可视化。 #...
- 2021-01-14 17:04kokeihou的博客 如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素(以”-“分割)，...
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- 2021-01-14 17:03老滚的笼中鼠的博客 如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素(以”-“分割)，...
- 2020-12-20 23:20weixin_39855843的博客 TCGA 样本名构成以TCGA-OR-A5J1-01A-11R-A29W-13为例，按照“-”分割为7个不同部分。TCGA是项目名称“The Cancer Genome Atlas”简写，又称为癌症数据库。OR 是组织来源编码，如OR就表示来源于University of ...
- 2025-11-12 16:59整个流程的介绍，不仅涵盖了数据下载、清洗整理到生存分析准备的具体步骤，还提供了相应的R语言代码示例，这为初学者在处理TCGA临床数据时提供了重要的指导。通过跟随这些步骤和代码示例，初学者可以逐步建立起处理...
- 2021-01-14 17:04the 6ix的博客 经常有人问怎么下载正常样本，疾病样本之类的，这里就给大家一个参考使用TCGA简易下载工具可以下载所有的样本类型，具体看样本编号，在界面中只列了几个常见的，不常见的可以下载全部然后自己筛选样本编号模式如下：...
- 2025-08-22 09:20在癌症研究领域，TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个具有里程碑意义的项目，它集合了来自不同癌症类型患者的基因组、转录组、蛋白质组以及临床数据，为科学家提供了一个庞大的资源库以研究癌症的生物学特性。...
- 2022-09-19 20:40生信小博士的博客 【代码】找出TCGA中的配对样本并正确展示数据。
- 2025-11-15 08:45本文提供的TCGA矩阵整理指南，以R语言为基础，详细地介绍了数据处理的各个环节，是一份对生物信息学研究者极有帮助的实用指南。通过遵循本文的步骤，研究者可以更高效地处理TCGA数据，加快科研进程，并最终推动医学...
- 2025-02-23 00:57print_icecream的博客 write.table(exp_surv_01A,"exp_surv_01A.txt",sep = "\t",row.names = T,col.names = NA,quote = F) 分组文件（最终文件）：以免疫评分为例 合并生存信息与ESTIMATE #合并生存信息与ESTIMATE ESTIMATE_result (...
- 2021-03-30 22:19生信宝典的博客 之前的一个推文是从UCSC XENA获取TCGA的表达和表型数据，然后利用代码对表达数据进行了ID注释，以及mRNA、lncRNA和miRNA的区分筛选，最后将患者ID和临床信息进行配比，...
- 2023-09-26 16:37生信从负数开始学的博客 代码近乎我完全原创，大部分是我逐个试错得到的，但是后来发现与我的需求相反，所以放到网上，用以记录，便于有需求时查询。首先是获得基因表达矩阵和临床信息也就是表型。接下来的操作是获得癌与癌旁患者ID样本一一...
- 2021-01-14 17:03weixin_39556702的博客 并最终得到每个样本一个独立文件夹形式的数据，整理成表达矩阵的格式将是后续分析的前提，对TCGA数据的整理主要有2个操作：1、将样本名替换成类似 TCGA-AA-A02J-01A 的格式；2、多样本表达值合并；关于TCGA样本命名...
- 2024-08-26 00:03扭蛋黄比腚的博客 此时可以考虑R语言TSHRC包的Two-Stage方法进行检验，可以同时计算Kaplan-Meier和log-rank test的p值。 2. 多因素Cox回归模型检验 （1）cox回归模型的基本表达式： h(t)即风险函数，指在t时刻观察对象的瞬时死亡率；...
- 2020-12-20 23:20weixin_39702483的博客 而本篇文章主要介绍一下数据的处理过程，因为数据下载之后都是单一样本存储而且样本名称都是以非规则性超长字符命名，进行数据分析之前需要把样本名称转化为TCGA样本编号，例如这种形式的：TCGA-A8-A07I-01A-11R-A00...
- 2018-06-29 09:17Mr番茄蛋的博客 在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据： ...大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素（以”-“分割），例如TCGA-A6-6650-01。所以...
- 2023-07-19 22:15is_colorful的博客 在使用R语言read.csv()函数读取csv文件时，会自动把TCGA样本中的替换为，为后续数据处理带来不便。解决方法：在函数中添加。
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8月16日