用3dslicer勾画的nrrd标签文件如何转换为json文件

Question

• 训练maskRCNN分割肿瘤，要用labelme勾画得到json格式mask文件，但为了勾画方便，我想用3dslicer勾画，然后将nrrd格式的mask转换为json格式。

• 试过了将nrrd（只用了一层CT）直接格式转换为json（代码如下），但是发现转格式的json文件用labelme程序打不开，报错提示json文件无效。

有没有人能够解决这个，粗暴转格式貌似不行。（小白菜🥬的疑问）

import numpy as np
import json
import nrrd
 
# 加载NRRD文件
data, header = nrrd.read('input.nrrd')
 
# 创建用于存储标签的字典
labels_dict = {}
 
# 遍历所有唯一的标签值
unique_labels = np.unique(data)
for label in unique_labels:
    # 获取标签的坐标
    coordinates = np.argwhere(data == label).tolist()
 
    # 将坐标添加到标签字典中
    labels_dict[str(label)] = coordinates
 
# 将标签字典转换为JSON并保存到文件
with open('output.json', 'w') as f:
    json.dump(labels_dict, f)

Answer 1

如果你知道你要封装的JSON格式，可以采取这种操作

d = {
    "name": "Jack",
    "children": [{
        'name': key,
        "size": value
        } for key, value in sample.items()]
    }
j = json.dumps(d, indent=4)
with open('sample.json', 'w') as f:
    print >> f, j