GEO中GPL18573如何进行注释

Question

GPL18573 如何进行注释？
从官网下载的GPL18573 soft文件是一串gse，如何将id与基因名进行对应？

Answer 1

引用 皆我百晓生 小程序回复内容作答：
在R语言中对GPL18573进行注释，你可以使用Bioconductor中的相关包。首先，你需要安装biomaRt和limma包：

install.packages("BiocManager")  # 如果未安装BiocManager，请先安装
BiocManager::install("biomaRt")
install.packages("limma")

然后，载入所需的库：

library(biomaRt)
library(limma)

接下来，你需要创建一个biomaRt对象，与你希望进行注释的数据库连接。在这种情况下，我们将使用Ensembl数据库：

ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

然后，你可以使用getBM函数来获取GPL18573中的所有基因信息以及它们的注释。假设GPL18573中的列名为gene_ids，你可以使用以下代码获取基因名和相关注释：

gene_ids <- c("ENSG00000157764", "ENSG00000230494")
annotations <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name", "description"),
                     filters = "ensembl_gene_id",
                     values = gene_ids,
                     mart = ensembl)

在上面的代码中，我们通过设置attributes参数来指定我们需要的注释信息，然后使用filters和values参数指定我们要注释的基因列表。最后，我们将结果存储在annotations对象中。

请注意，如果你的GPL18573文件不包含ensembl_gene_id列，你需要根据R包中提供的注释查询其他列名，如gene_id或gene_name等。

希望这可以帮助到你！